Primer Premier 6软件带你轻松get引物设计

科研圈的朋友们还在为每次设计引物而烦恼吗？小编这期手把手教你利用Primer Premier 6软件轻松设计引物序列。

Primer Premier 6是加拿大Premier公司推出的一款专业的引物设计软件，这款升级版软件相较于之前版本在很多方面做了改进与优化，例如引物设计的温度Tm值等，使用起来更加快速和自动化。该软件主体分为四大部分，尤其常用的是引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA基元(motif)查找，给科研人员带来了极大的便利。今天小编主要为大家介绍一下引物设计功能。

Primer Premier 6软件的使用方法

下面简单介绍Primer Premier 6软件的使用方法：

通过Primer Premier 6安装软件包、Java安装软件进行下载和安装。安装完成后我们就开始进行引物设计的步骤，主要步骤如下：

01寻找基因序列

我们以human p53基因为例进行引物设计，首先打开ncbi网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

在选择框中选择Gene，在输入框输入基因和物种，点击search（如图1）。

在新打开的界面会显示TP53基因条目，点击进入（如图2）。

 图2

因为我们要获得其核苷酸序列，我们直接点击NCBI Reference Sequences(RefSeq)进入（如图3）。NM_000546.6为TP53基因，点击进入（如图4）。

图3

图4

进入Genbank界面，点击CDS（如图5）。

图5

棕色部分为TP53的CDS，点击FASTA获得TP53的CDS序列（如图6）。TP53的CDS序列已获得（如图7）。

图6

图7

02输入基因信息

打开Premier 6软件首页，点击菜单File→New→Sequence或者Ctrl+E,弹出New Sequence界面，在New Sequence粘贴这段CDS序列，点击Add添加，即可导入序列（如图8）。

图8

03参数设置

点击菜单Analyze→Primer Search或者Ctrl+M，弹出Primer search界面（如图9）。

图9

在Primer Search界面选择Primer Parameters设置参数包括：溶解温度（Tm）设置、引物长度设置、扩增产物长度设置、可替换引物对，一般可替换引物对默认5对，通常出来的引物都是自动按得分高低，所以默认即可。有需要的话也可以在高级设置中选择更多其他参数。设置好后点击Search即可生成引物（如图10）。

图10

04引物序列输出

引物生成后会出现引物的具体信息，包括引物序列、位置、长度、Tm值等信息。图左上为对所设计引物的评价，最好为Best，中等为Good，最差为Poor；一般选择Best或Good。图下显示最高得分的引物序列，图右上显示引物及扩增产物在CDS中的位置（如图11）。

图11

点击All Primers可以查看可选择的多对不同引物，可根据需要选择合适的位置和适当产物长度的引物，选择后点击replace即可（如图12）。

图12

点击All Structures 可以查看当前选定引物的结构，包括引物可能形成的引物二聚体（Self Dimer）、发卡结构（Hairpin）、引物错配（Cross Dimer）、自由能（△G，自由能越小越稳定，因此△G越大引物效果越好）等信息。通常我们选择默认的引物即可（如图13）。

图13

对于选中的引物，右键复制文本保存到本地文件，后续再进行引物合成即可（如图14）。

图14

设计完的引物还要去Blast比对下哦，这期，小编就分享到这，咱们下期再见！

关于泓迅

泓迅科技利用先进的生产工艺为世界一流的科研和工业客户提供常规引物、超长引物、超高纯度引物、简并引物、修饰引物、荧光探针引物等合成。除此之外，泓迅科技还可根据客户个性化的需求提供上述所有种类引物的高通量合成，以96孔板、384孔板或者客户要求的其它规格进行定制。我们的团队拥有业内经验丰富的工程师，先进的DNA合成仪和先进的生产工艺，使得我们的产品质量在业界拥有良好的口碑和品牌信任度。