SNP基因分型的检测方法有哪些？

在日常生活中，我们会发现有些人怎么吃都不胖，有些人喝凉水都长肉；同一种药物对有些人群有作用，对另一些人却完全无效。这是为什么呢？造成这个现象最重要的因素是人类基因组存在差异，也就是我们科研学习中经常提到的单核苷酸多态性(SNP)。

什么是SNP？

单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组特定位置上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，包括碱基的转换、颠换、缺失和插入。在人类基因组测序之后，SNP的检测和鉴定对于确定患者疾病易感性和针对个体的药物递送有重要指示意义。

单核苷酸多态性(SNP)

据GIR 机构对SNP基因分型市场容量分析预测，2021年全球单核苷酸多态性（SNP）基因分型收入大约17390百万美元，预计2028年达到63010百万美元。SNP检测主要应用在肿瘤易感基因检测、靶向用药基因检测、药物代谢、减肥个性化医疗等领域。面对一片大好的市场前景，SNP基因分型检测技术也在不断精进，一起来看看有哪些吧~

SNP基因分型检测技术

SNP基因分型检测技术包括Sanger测序、qPCR检测、芯片检测、以及各种新型基于PCR或qPCR扩增的技术，如扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)、竞争性等位基因特异性PCR（KASP）等。

1.测序法

Sanger测序法是SNP检测的“金标准”，通过直接测序的方法进行SNP检测的检出率接近100%。并且，Sanger测序可发现未知的SNP位点，确定SNP的突变类型和突变位置，是一种无法替代的最直接、最准确的SNP检测方法。

Sanger测序法

基因组规模的高通量测序技术也可以产生数百万个单核苷酸多态性 (SNP)，例如，这些单核苷酸多态性 (SNP) 可用于全基因组关联研究 (GWAS)，以识别控制基因或数量性状基因座 (QTL)感兴趣的特征等，广泛应用于植物育种等领域。

2. 荧光定量聚合酶链反应（qPCR）法

qPCR是最常见的SNP分型方法之一，具有快速、高度准确且每次检测成本低的特点。并可进行多重分析，也无需PCR后处理，可减少分析工作量并节省材料成本。基于TaqMan探针的 qPCR 是临床诊断中使用最广泛的 SNP 检测方法，当探针与模板完全匹配时，随着PCR反应的进行，DNA聚合酶在延伸到探针位置时会将其水解，5’端报告基团游离，从而释放荧光基团，产生较强的荧光信号，根据检测到的不同荧光，来判断相应样本中的SNP等位基因型。

但探针的设计与优化是一个复杂而缓慢的过程，市场上的几种有特点的探针，如MGB探针，即在TaqMap探针中使用MGB修饰，可提高探针对SNP识别的特异性。分子信标探针，是一个有发夹结构的茎环双标记探针。SNP检测位点在分子信标的环状结构上，当模板与分子信标环状结构的核酸序列完全匹配时，分子信标可与模板杂交形成伸展状态，导致荧光基团和淬灭基团的空间距离拉大，荧光信号开始增强，因此可被仪器检测到并确定SNP位点。其优点在于探针与靶向区域可以在很宽的温度范围内结合，并且，环的长度越短，探针的识别能力就越高。

三种探针类型

3. 基因芯片法

基因芯片技术是一种非常强大的基因分析工具，其主要特点是可以进行大规模、高通量、平行化的信息处理和功能研究，主要分为两种类型：寡合苷酸芯片、DNA微阵列。应用于SNP检测时，原理是指采用固相原位合成技术将预合成的寡核苷酸探针，有规律地排列固定在支持物（如膜、硅片、玻璃片）上，样品DNA进行PCR扩增、荧光标记后与芯片杂交，然后清洗去除非目标片段，最后通过扫描检测芯片上的荧光信号，由此确定SNP位点。

基因芯片检测法

总结

每个检测方法都有各自的优点和缺点。大家还是要根据各自的研究方向选择合适的SNP检测方法。如何评判SNP基因分型检测方法，可参考以下三方面：

• 检测设计的灵活性和成功率
• 等位基因调用和等位基因鉴别效率
• 实验运行的便利性和每个样本的成本

关于泓讯科技：

泓迅科技致力于为研究人员、科学家、药物开放人员等提供专业、高效的一站式解决方案。在SNP位点分析和研究方面，通过我们专业的技术团队、先进的仪器设备和独到的研究策略可以为您提供定制化的基于测序、qPCR探针或基因芯片的解决方案，更好地帮助您开展SNP的基因型分析、功能学鉴定、下游应用开发等研发工作。更多业务内容，欢迎垂询！

参考文献

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