转录组学和蛋白组学都是研究系统的生理化学状态的重要工具，二者的共同之处都是反应基因的表达情况，差别在于，转录组虽然能在转录水平.上提供非常丰富的信息，但其代表了基因表达的中间状态，仅代表着潜在的蛋白质表达情况与功能意义;而蛋白质是生物体真正的功能的体现者，因而生物功能水平的研究离不开蛋白质组学。

没有以上两个组学的整体分析，就无法观察到真正的mRNA-蛋白质不一致性， 没有办法真正的解释生物学问题，而其实这些不一致性要比一致性更吸引科学家，因为它们透露出的更多的转录后、翻译后干涉情况。因此，只有通过系统生物学整体分析，联合多组学数据对生物样本进行系统研究，才能真正观察到mRNA-蛋白质关联性，进而从整体.上解释生物学问题。