转录和代谢组学整合分析，是指对来自转录组和代谢组等不同生物分子层次的批量数据进行归-化处理及统计学分析，建立不同层次分子间数据关系;同时结合功能分析、代谢通路富集、分子互作等生物功能分析，系统全面地解析生物分子功能和调控机制，最终实现对生物变化大趋势与方向的综合了解，进而提出分子生物学变化机制模型，并筛选出重点代谢通路或者基因、代谢产物进行后续深入实验分析与应用。

目前关于转录学和代谢组学整合分析的思路非常多，最常见的就是基于同一条KEGG通路的数据整合。通过对不同组别间的转录组比较分析，我们可以找到参与某条重要的代谢通路的差异表达的基因，同时，在代谢组学分析结果中，我们需要重点关注该通路中代谢物的变化关系，进一步探讨基因的变化所引起的代谢物的改变。