我们通过基于结构的配体设计得到warhead和E3 ligand，然后再通过分析得出target protein与warhead的binding mode，最终确定linker与warhead的可能结合点位和方式。（通常情况下，target protein结构已知，而E3 ligase我们一般会考虑文献中报道过的结构。）

linker与E3 ligand的结合点位和方式通过同样的方式也可以获得。我们从文献中报道过的常见linker类型中，各选出若干最有代表性的linker化合物，从中筛选出能生成稳定warhead-linker-ligand组合（即PROTAC分子）的linker，接着再挑选出能得到target-PROTAC-ligase ternary complex稳定构象的PROTAC。我们将其作为备选分子，以开展进一步的实验验证。

针对target-PROTAC-ligase ternary complex的构象分析，维亚可以采用不同的策略，例如采用先研究target-PROTAC，再研究target-PROTAC-ligase的策略，或者直接研究target-PROTAC-ligase。

In-Silico PROTAC Design流程：