全基因组（WGS）脱靶检测技术

美国食品药品监督管理局（FDA）及国家药品监督管理局药品审评中心（CDE）连续强调开展基因治疗的同时，必须考察基因编辑工具的脱靶效应。全基因组测序法（Whole Genome Sequencing，以下简称WGS）是检测脱靶效应的最简单有效的方法之一，可全面检测到基因编辑导致的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、染色体重排、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）。基于此，珠海舒桐提供了全基因组（WGS）脱靶检测技术，供广大科研学者服务。WGS检测广泛全面，不仅可检测到常规基因编辑和Prime editing导致的sgRNA依赖型脱靶，更为关键地，还能检测到Base editing导致的sgRNA非依赖型脱靶，以及CAR-T及TCR-T的基因组引起的脱靶。珠海舒桐拥有优秀且成熟的生物信息分析团队，专业性强，技术达国际前沿；测序深度达100x，分析内容精确、全面。

脱靶检测实验流程

WGS分析流程

图片来源于参考文献1

应用场景

1. 常规基因编辑引起的脱靶，如基因敲除、敲入、点突变等；
2. Base editing引起的随机性的sgRNA非依赖型脱靶；
3. Prime editing引起的sgRNA依赖型脱靶；
4. 染色体重排、结构变异等；
5. CAR-T及TCR-T的基因组脱靶检测。

服务优势

1. 分析内容精确：可以在全基因组范围内对编辑位点和脱靶位点，进行精确的定位分析；
2. 分析内容全面：全面分析每一个变异位点；
3. 分析周期短：仅需1个月；
4. 稳定地产出高质量测序数据，覆盖深度达100x；
5. 技术成熟，专业性强：具备成熟的生物信息分析团队，专业的案例分析，可以根据客户不同要求分析个性化内容。

服务内容

*高级服务内容：根据项目/课题的需求可定制个性化分析，具体可与舒桐平台联系。

送样要求

1. 若提供DNA，则需要DNA样品总量：≥2µg，浓度≥30ng/µL。DNA样品纯度：OD260/280=1.8~2.0 。DNA样品完整性：DNA无明显降解，需提供凝胶电泳检测胶图。
2. 若使用Base editing送样时需提供实验组DNA（Base editors + sgRNA）、对照组DNA（Base editors）、阴性对照DNA（无任何处理）；若使用Prime editing或其他基因编辑送样时仅需提供实验组DNA（Base editors + sgRNA）和阴性对照DNA（无任何处理）。

参考文献

[1] Jin, S., Gao, Q. & Gao, C. An unbiased method for evaluating the genome-wide specificity of base editors in rice. Nat Protoc 16, 431-457, doi:10.1038/s41596-020-00423-y (2021).