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体液样品环状DNA甲基化测序技术
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  • 2022-06-16 17:01:12

上海云序生物科技有限公司

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环状DNA简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为eccDNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明:无论是在正常体细胞还是癌细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。近日,Nature杂志上发表了颠覆性研究成果:在肿瘤中,主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的,环状DNA的癌基因能够大量表达,同时缺乏丝粒,导致不遵照孟德尔定律进行遗传,这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动,促进肿瘤细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前,环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物,还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。

技术简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA,而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
环状DNA连登《Nature》《Cell》等顶级期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知,成为了最具潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法,用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构,并在DNA片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U),后续进行文库构建与高通量测序,从而获得发生甲基化修饰的环状DNA双端测序,上机测序数据量24G。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

血清血浆环状DNA甲基化测序

云序优势
适用于微量体液样品:
客户只需提供血清、血浆、尿液、脑脊液等体液,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。
一箭双雕的结果:
同时检测环状DNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高。
专业的生物信息学分析:
专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,且能单碱基分辨甲基化修饰位点,满足客户的各类深入数据分析需求。

样本要求
样品类型:
血清、血浆、尿液、脑脊液。
样品量:
血清、血浆:5mL
尿液:5-10mL
脑脊液: 5mL
样品运输及保存:

样品干冰运输。血浆需使用EDTA抗凝管(绿色盖子抗凝管),勿用肝素管取样。

数据分析
1.环状DNA的识别及甲基化水平

环状DNA的识别及甲基化水平


2.环状DNA的基因注释

环状DNA的基因注释


3.环状DNA长度分布图

环状DNA长度分布图


4.环状DNA甲基化水平统计

环状DNA甲基化水平统计

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