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植物基因组DNA提取及其检测

发布时间:2022-06-08 13:50:49 I 企业名称:河北品科研生物科技有限公司 I 作者:

植物基因组DNA提取及其检测

一、背景知识

在分析和研究DNA时,提取和纯化DNA是第一步操作也是实验的基础。对于植物来说,DNA主要存在于细胞核内,核内DNA占整个细胞DNA量的90%以上;核外的DNA主要有线粒体DNA和叶绿体DNA。所有植物基因组DNA的获得都包括两个步骤:一是裂解细胞和溶解DNA;二是通过一种或多种酶学或化学的方法除去蛋白质、RNA和其他大分子杂质。

不同植物、同种生物的不同种类、同一种类的不同组织器官因其细胞结构和所含成分不同,基因组DNA提取方法既有共同的操作方法,也有特殊的处理步骤。在提取某些特殊组织器官DNA时,需要参考前人经验采用相应的改良提取方法,从而获得高质量的可用DNA大分子。如从富含多酚和多糖的组织中提取DNA,应增加除去多酚和多糖的实验步骤,以免残留物抑制后续的酶切、PCR等操作。

不同的实验目的对提取的DNA质量要求也不相同。构建基因组文库、基因分型、RFLP(限制性片段长度多态性)和Southern杂交等实验对初始DNA长度要求较大,而普通PCR反应则要求较低。植物基因组DNA在提取过程中会发生机械断裂,产生不同大小的片段,因此,应该尽量减少酚/氯仿抽提次数、混匀过程要轻缓,以保证得到较为完整的基因组DNA

目前,CTAB法是植物基因组DNA提取的常用方法之一,是由Murray Thompson1980)修改而成的简便方法。后续一些研究者对该法进行了改进和发展。

二、实验原理

CTAB(十六烷基三乙基溴化铵)是一种去污剂,可溶解细胞膜,它能与核酸形成复合物,在高盐溶液中(0.7 mol/L NaCl)是可溶的,当溶液盐浓度降低到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时从溶液中沉淀,通过离心就可将CTAB–核酸的复合物与蛋白、多糖类物质分开。最后通过乙醇或异丙醇沉淀DNA,而CTAB溶于乙醇或异丙醇而除去。

CTAB提取缓冲液中,Tris–HCl pH 8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;EDTA螯合Mg2+Mn2+,抑制DNase活性;NaCl 提供一个高盐环境,使CTAB–核酸复合物充分溶解,存在于液相中;CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离;β–巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除。

三、实验目的

1. 掌握核酸提取的原理和方法。

2. 认识核酸的基本性质以及操作核酸的基本步骤

3. 掌握水平凝胶电泳的原理及注意事项。

4. 后续实验准备样品。

四、实验材料

小麦、玉米和水稻等植物的幼嫩叶片。可提前47 d在培养皿或育苗盘中播种、育苗,实验前剪取新鲜叶片。

五、试剂与仪器

液氮、CTAB提取缓冲液、氯仿/异戊醇(241)、异丙醇、70%乙醇、TE 缓冲液、灭菌ddH2O、琼脂糖、6 ×上样缓冲液、50 × TAE电泳缓冲液、溴化乙啶EB

研钵、剪刀、微量移液器、灭菌1.5 mL离心管、灭菌枪头、锥形瓶、量筒。

台式离心机、水浴锅、电子天平、微波炉、电泳槽、电泳仪、紫外成像仪。

六、实验步骤及其解析

(一)植物基因组DNA提取

11 g左右新鲜叶片剪成12 cm片段,搁置于研钵中,加入约50 mL的液氮,轻轻捣碎叶片,待液氮将要挥发完时,迅速研磨成白绿色粉末,置入1.5 mL 离心管中。

不同植物、不同组织、不同年龄的材料提取DNA产率不同,植物幼嫩组织产率高。

尽量采用新鲜材料。若是80冰箱保存的样品,研磨前应避免样品化冻变软。

100 mg新鲜植物幼嫩组织可获得515 μg DNA。适量分装样品粉末到离心管。

研磨越细越好,以便很好地解离细胞破碎细胞壁,并提高DNA产率。

液氮尽量一次加足。若需第二次加液氮,不要让飞浮起的粉末污染了液氮勺。

快速分装。加CTAB提取缓冲液前,粉末不能化冻变成绿色泥状物。将粉末从研钵转移到离心管前,可将勺和离心管在液氮预先冻一下。

2马上加入600 μL预热的CTAB提取缓冲液(至少预热30 min),混匀,65水浴提取1 h,其中每10 min颠倒混匀1次。

样品重量增加,应相应地增加提取缓冲液的用量。对于较老的植物组织,可以适当加大提取液中β-巯基乙醇的用量,如2.5%3.0%,从而减轻褐变。

预热可使CTAB均匀分布,并使样品粉末快速溶于提取液。

水浴振荡提取可以促进细胞裂解。不要让离心管盖崩开。

剧烈振荡会打断溶液中分子质量高的DNA

如需得到无RNADNA,也可以在水浴后加入20 μL 10 mg/mL RNase A,室温放置25 min

3取出离心管,冰浴冷却5 min 后,加入等体积氯仿/异戊醇(241抽提液,轻轻颠倒混匀,冰上静置10 min

冰浴冷却是为了下一步加入抽提液时降低氯仿的挥发。应在通风橱内加入抽提液。

有的实验使用苯酚/氯仿/异戊醇(25241)。苯酚能有效地变性蛋白质,并能溶解变性蛋白质;氯仿也是蛋白质变性剂,但加入氯仿的主要原因是增加抽提液比重,使得酚/氯仿始终在下层的有机相,方便水相的回收;异戊醇可防止混合时产生泡沫,更好地形成水相和有机相之间的界面。

充分混合后静置有利于水相和有机相的分层。上层水溶液(水相)含有DNA,下层(有机相)主要是氯仿,大多数的变性蛋白质处于两相之间的界面上。

混匀过程要轻柔舒缓,以免DNA发生机械断裂。

4室温6 000 r/min离心10 min,用剪掉尖头的枪头小心吸出上清500 μL(淡黄色或无色)放入新离心管中。

剪掉枪头尖可以减缓吸取时的抽力,避免DNA断裂和吸入有机相物质。

吸取动作要细心缓慢,不要吸得过多过快(可分几次吸取),避免振荡,以免吸取了水相和有机相中间的杂质,影响抽提纯化效果。

整个实验操作过程中,应手套和使用灭菌的离心管和枪头,避免核酸酶污染。

5加入等体积的异丙醇,上下颠倒混匀数次,即出现絮状DNA沉淀。室温下8 000 r/min离心10 min

用乙醇可使DNA溶液中的DNA沉淀,是因为乙醇可以使DNA脱水。

乙醇分子含1个羟基,异丙醇2个羟基,因离心管体积所限,故用等体积异丙醇但异丙醇的挥发性小于乙醇。

若溶液中DNA含量较高,基因组DNA大片段在乙醇或异丙醇作用下,沉淀形成纤维状絮团漂浮。

若溶液中DNA含量较低,会观察到管中含有白色悬浮的丝状或颗粒状DNA(甚至看不到沉淀),可使用预冷的异丙醇,或加入异丙醇后于20冰箱放置20 min离心。

异丙醇(乙醇)沉淀DNA可以有效地去除残留的苯酚、氯仿和一些离子。

混匀过程要轻柔舒缓,以免DNA发生机械断裂。

6倒掉上清液,加入300 μL TE 缓冲液,DNA能很快溶解。

可将上一步的DNA絮团捞出,在干净吸水纸上吸干后转入含300 μL TE的离心管。

DNA沉淀可溶于水或100 mmol/L TEpH 8.0)溶液,是因为 DNA双螺旋外侧是亲水的磷酸基团和戊糖残基。

65水浴15 min可以帮助DNA沉淀溶解。

7先后加入1/10体积的3 mol/L NaAc2倍体积的预冷无水乙醇,温和颠倒混匀,放置20 min,使DNA形成絮状沉淀。

因上一步获得的DNA水溶液中不存在高浓度的氯化钠等盐离子,所以该步骤加入1/10体积的3 mol/L NaAc溶液,以中和DNA所带负电荷,使得DNA易于沉淀。

混匀过程要轻柔舒缓,以免DNA发生机械断裂。整个实验操作得当,通常可以得到长度50100 kbDNA

将乙醇预冷可以加快沉淀进程。乙醇沉淀DNA有助于提高DNA浓度、去除盐子。

8室温下6 000 r/min离心5 min

也可将上一步的絮状物用枪头(玻璃棒、牙签)挑至新离心管(事先将新管中放入500 μL 70%乙醇,便于释放絮团)后再离心。

离心速度过高和时间过长,导致沉淀块致密,会加大后续沉淀块溶解的难度。

970%乙醇漂洗沉淀表面和管壁两次,将离心管倒置在吸水纸上空气干燥

漂洗过程中,倒出70%乙醇时避免让DNA沉淀随之流走。

漂洗时若沉淀悬浮起来,需要离心再倒掉70%乙醇。

倒置离心管时,不要让沉淀块滑到吸水纸上。

尽量让沉淀表面的乙醇挥发干净,否则影响DNA溶解和后续实验。

过分干燥的沉淀块比较难溶于水或TE缓冲液。

10100200 μL 100 mmol/L pH8.0 TER(含RNase A 10 mg/mL)溶解,20 保存。

绝大部分的RNA可通过RNase A除去。如在第2步的CTAB提取缓冲液中加入了RNase A,就可以只用100 mmol/L pH8.0 TE溶解。

建议使用pH 8.0 TE溶解和保存DNADNA在弱碱性溶液最稳定。

也可溶于200 μL灭菌的ddH2O,但ddH2O因溶解了空气中的二氧化碳,而呈弱酸性(pH 6.8左右),不利于中长期保存。

(二)测定DNA浓度和纯度

1DNA溶液5 μL,稀释200倍。

DNA溶液时,要混匀DNA溶液,可以用枪头轻轻搅拌均匀。

2用紫外分光光度计在230nm260 nm280nm310nm波长下测量吸光值。其中,OD260用于估算样品中DNA的浓度,1OD260相当于50μg/mL双链DNA

样品浓度(mg/mL)=OD260×稀释倍数×50/1000

OD260/OD280OD260/OD230用于估计DNA纯度。对于较纯的DNA样品,OD260/OD280≈1.8OD260/OD2302。若OD260/OD2801.8,说明有RNA污染;若OD260/OD2801.8,说明有蛋白质污染。

核酸所含嘌呤和嘧啶分子具有共轭双键,在260 nm波长处有最大吸收峰。蛋白在280 nm波长处有最大吸收峰。OD230来评估样品中是否存在一些污染物,如碳水化合物、多肽、苯酚等。OD310为背景吸收值。

(三)琼脂糖水平电泳检测

1250 mL锥形瓶,用电子天平称取琼脂糖0.5 g

2加入1 × TAE电泳缓冲液50 mL (即1 %琼脂糖),摇匀。

3用微波炉化,混匀。

忌猛火过长时间加热,避免暴沸和溢出。

加热过程中可暂停,厚线手套小心摇匀。化好的琼脂糖溶液澄清透明。

4准备胶板,插上梳子。待溶液冷却至60左右时,向锥形瓶中加入2 μL EB(或其他荧光染料),摇匀,酌情将胶倒入制胶架。冷却凝固30 min后,拔出梳子。

5置胶板于微型电泳槽后,倒入1 × TAE电泳缓冲液。

电泳缓冲液刚好没过凝胶表面1 mm为宜。

625 μL DNA溶液与12 μL 6×上样缓冲液混合均匀,点样,电泳(55 V / 40 min)。

DNA溶液时,要混匀DNA溶液,可以用枪头轻轻地搅拌均匀。

新手点样时,为防止手抖动,可将点样的手肘支于桌面,或用另一只手握住点样手腕。

点样时,枪头尖插到点样孔中下部,使点样液缓慢排出。枪头拔出液面时才松开拇指。

琼脂糖凝胶的点样孔一侧靠近黑色的负极。

7.紫外成像并分析。

七、实验报告

1. 预习作业

从植物细胞结构上看,想要提取植物基因组DNA应该采取哪些步骤?

2结果分析与讨论

1)附上琼脂糖凝胶电泳检测图(应标注DNA marker的名称及其片段大小、各泳道的材料名称),DNA条带是单一的吗?其位置在哪里?如果有弥散拖尾现象说明了什么?

2)根据电泳图谱和OD数据,判断所提取的DNA是否满足后续实验要求。

八、思考题

1为避免电泳检测时出现多条带和弥散现象,DNA提取过程应注意哪些事项?

2CTAB提取缓冲液的主要成分有哪些?它们的作用分别是什么?

3为什么上清液中加入2倍体积乙醇能够沉淀DNADNA沉淀为什么能够溶于水?

4琼脂糖凝胶电泳检测DNA时,DNA为什么从负极向正极泳动?

九、研究案例

1适用于大规模转基因作物PCR检测的简易DNA提取(钟罗宝和陈谷,2008

该研究以转基因拟南芥叶片为样本,将改进碱裂解法作为一种简易有效的DNA提取法,以应用于大规模转基因作物PCR检测中。将碱裂解法、SDS法和CTAB法提取的基因组DNA电泳比较,结果表明,碱裂解法DNA含量很少,图谱中没有条带,SDSDNA的质和量比碱裂解法大幅提高,但是CTABDNA质和量是最好的。但三种方法提取的DNA就能满足PCR扩增的要求。

2对小麦幼叶DNA微量快速提取方法的改进(董建力等,2007

该研究为满足对大批量材料进行分子标记检测的需要,以小麦幼叶为材料,对常规的CTAB法提取DNA方法进行了简化和修改。结果表明,从DNA样品的0.8%琼脂糖凝胶电泳图谱看出,常规提取法(液氮研磨、NaCl改进提取法(液氮研磨、用KCl代替NaCl改进提取法(不用液氮研磨、用KCl代替NaCl)都能得到条带清晰、亮度相近的DNA片断,说明这三种方法提取的DNA质量都较好;改进法的DNA(第4泳道和第6泳道)降解程度大于常规法,但也能满足后续分子标记的需求。由于该研究的DNA样品未用RNase处理,因此底部有少量的RNA和杂质存在。

十、附录

1CTAB提取缓冲液:含有100 mmol/L Tris–HCl pH 8.0)、50 mmol/L EDTA pH 8.0)、500 mmol/L NaCl2% CTAB0.1% β–巯基乙醇。

配制方法:将20 g CTAB29.22 g NaCl溶于750 mL ddH2O,再依次加入1 mol/L Tris–HClpH 8.0100 mL0.5 mol/L EDTApH 8.0100 mL10 mL β–巯基乙醇,混匀,定容至1 L。高压湿热灭菌20 min4保存备用。

21 × TE缓冲液:含有10 mmol/L Tris–HCl pH 8.0)、1 mmol/L EDTA pH 8.0)。

配制方法:取1 mol/L Tris–HClpH 8.01 mL0.5 mol/L EDTApH 8.00.2 mL,再加ddH2O100 mL,混匀。高压湿热灭菌20 min4保存备用。

3氯仿/异戊醇抽提液:氯仿和异戊醇按照241的比例混合。

450 × TAE电泳缓冲液

成分

配制1 L溶液各成分的用量

2 mol/L Tris

242g

1 mol/L 乙酸

57.1 mL的冰乙酸(17.4 mol/L

100 mmol/L EDTA

200 mL0.5 mol/L EDTApH 8.0

ddH2O

补至1 L

56 ×上样缓冲液(室温贮存)

成分及终浓度

配制10 mL溶液各成分用量

0.15%溴酚蓝

1.5 mL 1%溴酚蓝

5 mmol/L EDTA

100 μL 0.5 mol/L EDTApH 8.0

15%聚蔗糖(400型)

1.5 g

0.15%二甲苯青FF

1.5 mL 1%二甲苯青FF

ddH2O

10 mL

61 mol/L Tris–HClpH 8.0

配制方法:将121.1g Tris溶于800 mL ddH2O,用4 mol/L浓盐酸调节pH8.0,定容1 L。高压湿热灭菌20 min4保存备用。

市售发烟盐酸(浓度为37%,密度1.179g/mL)为12 mol/L。高浓度盐酸易挥发,挥发出来的HCl气体在空气中与水蒸气结合形成雾。为使用方便,可稀释36倍。70.5 mol/L EDTApH 8.0

配制方法:在800mL ddH2O中加入186.1g二水乙二胺四乙酸钠(EDTA–Na2·2H2O),充分搅拌,这时溶液为乳白色,加10 mol/L NaOH调解pH8.0,这时溶液颜色逐渐变为澄清。最后定容至1L。高压灭菌,室温保存。

十一、拓展知识

1.关于凝胶电泳中溴化乙啶(EB)在荧光灯下的成像原理

溴化乙啶是一种高度灵敏的荧光染色,用于观察琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶中的DNA。溴化乙啶用标准302 nm 紫外光透射仪激发并放射出橙红色信号,可用带CCD 成像头的凝胶成像处理系统拍摄。

观察琼脂糖凝胶中DNA最常用的方法是利用荧光染料溴化乙啶进行染色,溴化乙啶含有一个可以嵌入DNA堆积碱基之间的三环平面基团。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中,大约每2.5个碱基插入一个溴化乙啶分子。当染料分子插入后,其平面基团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近,导致与DNA结合的染料呈现荧光,其荧光产率比游离溶液中染料有所增加。DNA吸收254 nm处的紫外辐射并传递给染料,而被结合的染料本身吸收302 nm366 nm的光辐射。这两种情况下,被吸收的能量在可见光谱红橙区的590 nm处重新发射出来。由于溴化乙啶–DNA复合物的荧光产率比没有结合DNA的染料高出2030倍,所以当凝胶中含有游离的溴化乙啶(0.5 μg/mL)时,可以检测到少至10 ngDNA条带。

溴化乙啶可以用来检测单链或双链核酸(DNARNA)。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小,所以其荧光产率也相对较低。事实上,大多数对单链DNARNA染色的荧光通过染料结合到分子内形成较短的链内螺旋产生的。

2SYBR Green I在凝胶电泳中的应用

SYBR Green I是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料,最大吸收波长约为497 nm,发射波长最大约为520 nm。在游离状态下,SYBR Green I发出微弱的荧光,但一旦与双链DNA结合后,荧光信号会增强8001 000倍。因此,SYBR Green I的荧光信号强度与双链DNA的数量相关,从而可根据荧光信号强度检测出PCR体系存在的双链DNA数量。

SYBR Green I灵敏度高,至少可检出20 pg DNA,高于EB染色法25100倍。用SYBR Green I染色的凝胶样品荧光信号强,背景信号低,适用于琼脂糖凝胶聚丙烯酰胺凝胶电泳脉冲电场凝胶电泳和毛细管电泳等多种凝胶电泳。SYBR Green I对分子生物学中常用的酶(如:Taq 酶、逆转录酶、内切酶、T4连接酶等)没有抑制作用。另外,与EB相比,其诱变能力大大降低。

1)工作液的配制:用电泳缓冲液将10 000×SYBR Green稀释100倍,即为SYBR Green工作液。SYBR Green工作液可以置28冷藏1个月以上。

2)制胶:按常规方法制胶,不含任何染料和EB

3)样品染色:向分析样品中加入SYBR Green工作液和载样缓冲液,室温放置10 min,使SYBR Green与样品中DNA充分结合。SYBR Green工作液加入量为总上样量的1/10

4DNA marker染色:将5 μL DNA marker1 μLSYBR Green工作液混匀,室温放置5 min,使SYBR GreenDNA充分结合。

3DNA提取常见问题分析

1DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。

原因

解决办法

DNA中含有蛋白、多糖、多酚类杂质

重新氯仿/异戊醇(241抽提,纯化DNA

DNA在溶解前有酒精残留,导致酒精抑制后续酶解反应

重新沉淀DNA,并让酒精充分挥发彻底

DNA中残留有金属离子

增加70%乙醇洗涤的次数(23次)

2DNA完全或部分降解。

原因

解决办法

材料不新鲜或反复冻融

尽量取新鲜材料,低温保存材料避免反复冻融

未能很好抑制内源核酸酶的活性

液氮研磨后,应在化冻前加入裂解缓冲液;采用内源核酸酶含量丰富的材料时,增加裂解液中螯合剂的含量

提取过程操作过于剧烈,DNA被机械打断

细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔

外源核酸酶污染

所有试剂用无菌ddH2O配制,耗材经高温灭菌

DNA溶液反复冻融

DNA溶液分装保存于多个离心管,避免反复冻融

3DNA提取量少、浓度低。

原因

解决办法

实验材料不佳或量少

尽量选用新鲜(幼嫩)的材料

破壁或裂解不充分

研磨充分;高温裂解时,时间适当延长

沉淀不完全

预冷异丙醇;低温沉淀;延长沉淀时间

洗涤时DNA沉淀部分丢失

洗涤时,最好用枪头将洗涤液吸出,勿倾倒

4DNA电泳常见问题分析

1DNA条带模糊。

原因

解决办法

DNA降解

避免核酸酶污染

电泳缓冲液陈旧

电泳缓冲液多次使用后,离子强度降低,pH值上升,缓冲能力减弱,从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液

所用电泳条件不合适

电泳时电压不应超过20 V/cm,温度<30;巨大DNA链电泳,温度应<15;核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力

DNA上样量过多

减少凝胶中DNA上样量

DNA样含盐过高

电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐

有蛋白污染

电泳前酚抽提去除蛋白

DNA变性

电泳前勿加热,用20 mmol/L NaCl buffer稀释DNA

2不规则DNA条带迁移。

原因

解决办法

对于λ/Hind III片段cos位点复性

电泳前于65加热DNA 5 min,然后在冰上冷却5 min

电泳条件不合适

电泳电压不超过20V/cm;温度<30;经常更换电泳缓冲液

DNA变性

20 mmol/L NaCl buffer稀释DNA,电泳前勿加热

3带弱或无DNA条带。

原因

解决办法

DNA的上样量不够

增加DNA的上样量;聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高,上样量可适当降低

DNA降解

避免DNA的核酸酶污染

DNA走出凝胶

缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度

对于EB染色的DNA,所用光源不合适

应用短波长(254nm)的紫外光源

4DNA条带缺失。

原因

解决办法

DNA带走出凝胶

缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度

分子大小相近DNA带不易分辨

增加电泳时间,核准正确的凝胶浓度

DNA变性

电泳前勿高温加热DNA链,以20 mmol/L NaCl b buffer稀释DNA

DNA分子质量巨大

常规凝胶电泳不合适,在脉冲凝胶电泳上分析

 

 

 

品牌

货号

中文名

JSENB

JS0700

苯酚:氯仿:异戊醇25:24:1,PH7.8

JSENB

JS0900

苯酚:氯仿:异戊醇25:24:1PH5.2

 

其他农学院频繁性实验技术

第一部分 核酸的提取和检测

1. 植物基因组DNA提取及其检测

2. 细菌质粒DNA的提取和电泳检测

3. 植物总RNA提取及其检测

第二部分 蛋白质提取、纯化和检测

1. 重组蛋白的提取和纯化

2. 植物总蛋白的提取和电泳检测

3. Western印迹法

  • 目的基因的检测及其表达分析

1.  PCR扩增目的基因片段

2. 基因表达部位的原位杂交检测

3. 亚细胞定位实验

第四部分 重组质粒的构建及其遗传转化

1. DNA片段的回收和连接

2. 重组子的转化和蓝白斑筛选

3. 重组质粒的酶切验证

4. 农杆菌蘸花法转化拟南芥

第五部分 分子杂交和互作相关技术

1. 利用酵母双杂交技术筛选靶蛋白的互作蛋白

2. 融合蛋白沉降技术分析蛋白质的相互作用

3. 酵母单杂交系统

4. 电泳迁移率实验—检测蛋白质-DNA结合相互作用

5. 染色质免疫共沉淀

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