最新顶刊文献速递 | 单细胞转录组系列（8-9月）

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高分文献一：Nature丨工程化T细胞的免疫疗法治疗中枢神经系统损伤

文章标题：Engineered T cell therapy for central nervous system injury

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：该研究分析了脊髓损伤小鼠的脊髓中的T细胞，并通过单细胞RNA测序技术鉴定这些T细胞的身份。为了提高免疫疗法的安全性，他们将这些T细胞进行了工程化修改，从而生成了工程化瞬时自身免疫T细胞。实验结果显示，这些工程化T细胞在CNS损伤小鼠模型中显示出显著的神经保护作用，这种保护作用部分通过调节巨噬细胞来实现。

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高分文献二：Science丨单细胞染色质可及性揭示原发性癌症中的恶性调控程序

文章标题：Single-cell chromatin accessibility reveals malignant regulatory programs in primary human cancers

期刊：Science（IF：44.7）

文章摘要：该研究生成了八种肿瘤类型的单细胞染色质可及性图谱，以确定与癌症相关的基因调控变化。肿瘤染色质的可及性受到拷贝数改变的强烈影响，这些改变可以用于识别亚克隆，然而潜在的顺式调控图谱仍保留了特定癌症类型的特征。通过使用器官匹配的健康组织，研究人员确定了多种癌症中的“最近健康”细胞类型，显示出基底样亚型乳腺癌的染色质特征最类似于分泌型的腔型上皮细胞。总体而言，这些数据和可解释的癌症与健康组织基因调控模型，为理解癌症特异性基因调控提供了框架。

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高分文献三：Cancer Cell丨十年来人类肿瘤单细胞RNA测序的经验教训

文章标题：Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors

期刊：Cancer Cell（IF：48.8）

文章摘要：该研究回顾了人类肿瘤中第一个十年的 scRNA-seq研究成果，系统总结了这十年来scRNA-seq技术在肿瘤研究中的应用及其带来的科学突破。过去十年，scRNA-seq技术的飞速发展，使得我们能够从单细胞水平上解析这种复杂的生物学行为，揭示出肿瘤内部的表达异质性（eITH）。通过分析这些数据，研究人员不仅能够定义肿瘤细胞的多样性，还能识别出肿瘤中常见的表达模式和动态过程。此外，随着空间组学技术的发展，研究团队还讨论了如何将单细胞测序数据与肿瘤组织的空间信息相结合，以揭示肿瘤细胞状态的空间分布及其与免疫细胞的相互作用。这种多层次的分析方法有助于更全面地理解肿瘤的异质性和进化过程。

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高分文献四：Cancer Cell丨CTLA-4和PD-1抑制剂联合治疗诱导多轮耗竭性细胞克隆反应

文章标题：Combination anti-PD-1 and anti-CTLA-4 therapy generates waves of clonal responses that include progenitor-exhausted CD8+ T cells

期刊：Cancer Cell（IF：48.8）

文章摘要：已有研究发现免疫检查点抑制剂（ICIs）联合治疗相比于任何单药治疗具有更好的肿瘤治疗效果。该研究通过scRNA-seq、TCR-seq、流式以及开发的Cyclone算法分析，揭示PD-1和CTLA-4抑制剂联合治疗诱导耗竭细胞的多轮克隆反应，αCTLA-4主要调节祖细胞样耗竭性T细胞的扩增而αPD-1促进耗竭性T细胞的分化，为ICIs的联合应用提供理论指导。

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高分文献五：Nature Medicine|整合人类大脑区域单细胞转录组的脑细胞图谱

文章标题：A brain cell atlas integrating single-cell transcriptomes across human brain regions

期刊：Nature Medicine（IF：58.7）

文章摘要：该研究通过整合来自 70 项人类和 103 项小鼠大脑研究的单细胞数据，涵盖大脑各区域主要发育阶段的数据，覆盖了来自健康和和患病组织的超过 2630 万个细胞或细胞核，展示了一个全面的脑细胞参考图谱。使用基于机器学习的算法，脑细胞图谱提供了一个一致的细胞类型注释，并展示了人脑中假定的神经祖细胞和PCDH9 high小胶质细胞的细胞亚群。研究证明了海马和前额皮质之间PCDH 9 high小胶质细胞的基因调控差异，并阐明了细胞间通讯网络。脑细胞图谱提供了图谱级别的综合资源，用于比较人类细胞图谱中不同环境和条件下的脑细胞。

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高分文献六：Nature|RAS改变衰老状态并影响肿瘤的发生

文章标题：Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：致癌RAS诱导的衰老（OIS）是一种与癌前病变相关的肿瘤抑制机制。这种表型通常需要高水平的致癌应激，但较低致癌剂量引起的表型尚不清楚。该研究开发了体外和体内致癌RAS剂量递增模型，，揭示了RAS剂量驱动的下游表型的非线性连续体。单细胞RNA测序分析显示，不同的肝细胞簇具有典型的OIS或祖细胞样特征。可识别两种不同的肿瘤类型：早发性侵袭性未分化性和晚发性分化性肝细胞癌。每种小鼠肿瘤类型的分子特征与不同的祖细胞特征相关，并在不同的人类肝细胞癌亚类中富集。总之，该研究结果证实了致癌剂量驱动的OIS，协调了早期肿瘤发生中的衰老和肿瘤起始表型。

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高分文献七：Nat Methods丨FlowSig--揭示scRNA和ST细胞间流动网络新方法！

期刊：Nat Methods（IF：36.1）

文章摘要：该研究开发了一种新方法FlowSig ，用于从单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) 数据中由配体-受体相互作用描述的定向细胞间流动，从而挖掘出驱动组织规模的基因表达模式。无论是 scRNA-seq 还是 ST 数据，FlowSig 都会生成表示流入信号、细胞内基因模块 (GEMs) 和流出信号。此外，对于 scRNA-seq 数据，GEMs被用来表示与特定细胞类型相关的基因表达模式；对于 ST 数据，GEMs 则包含了与空间位置相关的基因表达模式。通过分析这些 GEMs 在不同数据类型中的关联性，FlowSig 能够识别出特定的调控因子和通信模式在空间和时间维度上的变化。

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高分文献八：Nat Genet丨人类子宫内膜单细胞参考图谱

文章标题：An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium

期刊：Nat Genet（IF：31.7）

文章摘要：该研究绘制了新的子宫内膜细胞图谱（HECA），发现了多种新的细胞类型。这些细胞只存在于月经周期的某些阶段，取决于激素水平。细胞对激素水平的反应对月经周期的进展和生育能力至关重要，这些细胞可能为与激素破坏有关的疾病(如生育状况)提供有希望的治疗靶点。研究还发现了免疫细胞巨噬细胞(一种被称为基质细胞的结缔组织细胞)和血管细胞之间在子宫内膜无疤痕再生过程中的相互作用。了解这些途径在常见的月经状况下是如何被破坏的，比如子宫内膜继续脱落的异常出血，可能有助于找到新的干预措施。