CHIP-SEQ 染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术
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- 2022-11-30 17:45:29
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★服务描述：
CHIP-SEQ技术，即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序，可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布，得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq的原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
★服务应用：
1. 筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点：针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集，分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序，分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据；
2. 揭示差异化表观遗传变异的原理：通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析，即可准确揭示差异化表观变异原理；
3. 研究表观遗传变异疾病：借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理，明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。
★服务内容：
1. 染色质免疫共沉淀
2. DNA建库
3. 高通量测序服务
4. 数据分析服务：包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于基因组的覆盖和深度、富集peak检测、富集peak在启动子和不同基因功能区的分布统计、富集peak区段Fasta序列提取、motif查找、相关注释和富集分析（基因、GO和KEGG等）。
★需要提供的信息：
CHIP-SEQ技术，即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序，可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布，得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq的原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
★服务应用：
1. 筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点：针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集，分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序，分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据；
2. 揭示差异化表观遗传变异的原理：通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析，即可准确揭示差异化表观变异原理；
3. 研究表观遗传变异疾病：借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理，明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。
★服务内容：
1. 染色质免疫共沉淀
2. DNA建库
3. 高通量测序服务
4. 数据分析服务：包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于基因组的覆盖和深度、富集peak检测、富集peak在启动子和不同基因功能区的分布统计、富集peak区段Fasta序列提取、motif查找、相关注释和富集分析（基因、GO和KEGG等）。
★需要提供的信息：
新鲜或正确保存的样品
目的蛋白一抗，空白或者阴性同种属IgG
阳性对照样品（尽量提供）
★服务周期：
60个工作日
★服务承诺：
60个工作日
★服务承诺：
测序原始数据
实验结果
分析报告
★服务说明：
目的基因或转录因子的相关背景资料；
植物：整株植株、新鲜组织液氮速冻样本（2～5g），取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻；
动物/微生物：菌体/细胞系、低脂肪含量组织液氮速冻样本（细胞数大于5×106个）；
抗体：进口IP级别抗体/非商业化标准抗体（需检测），或者由公司代购；
样品运输：干冰运输，建议用灭菌的样品袋或LoBind 管，parafilm将管口密封好。
★其他服务项目：
