EPI400 来源于 EC100 菌株，将 一个诱导启动子驱动的 pcnB 基因替换掉 EC100 核基因中控制质粒拷贝数的 pcnB 基因，即是 EPI100 菌株。EPI400 菌株可以降低质粒的拷贝数，特别适合于各种不稳定 DNA 或毒性基因的克隆， 在加入诱导剂-CopyCutter Induction Solution 后又可以提高质粒产量到正常状态。[mcrA,Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC)]基因 型使 EPI400 菌株适合于克隆富含甲基胞嘧啶或甲基腺嘌呤的 DNA 。recA1 和 endA1 的突变有利于插入 DNA 的稳 定和高纯 度质粒 DNA 的提取。lacZΔM15 标记的存在使 EPI400 可用于蓝白斑筛选，tonA 赋予其抗噬菌体 T1 和 T5 的能力， rpsL 赋予其链霉素抗性。经 PUC19 质粒检测转化效率可达 5×10 7 cfu/μg DNA。