果糖-1,6二磷酸酶又称果糖1,6二磷酸酯酶（FBP，EC 3.1.3.11），有两种FBPase存在于光合细胞中。胞质型FBP主要存在于细胞质，参与蔗糖合成和糖异生途径；叶绿体型FBP存在于叶绿体中，它在二氧化碳同化途径中发挥调节作用。
FBP催化1,6二磷酸果糖和水生成6磷酸果糖和无机磷，接着与酶促复合物相互作用，伴随着NADPH的生成，通过检测NADPH在340nm处的增加速率，进而计算出FBP酶活性大小。