LC-MS与LC-MS/MS的区别
LC-MS可以通过采集质谱得到总离子色谱图。由于电喷雾是一种软电离源,通常很少或没有碎片,谱图中只有准分子离子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供结构信息。很难用来做定性分析，可以用来定量分析。但单级MS如果不用软电离源，而是EI之类的话，就有碎片峰，可以提供分子结构信息。
图1.LC-MS外观图
LC-MS/MS采用串联质谱，既能得到分子离子峰，又有碎片离子峰，因而可以用来进行定性和定量分析。
一个基本相似之处是：他们的应用领域都适用于液相适用的领域。
质谱的突出特点是：它本身是有质量信息的，是可以靠这个质量信息定性或提供定性的一些依据的(还需要其它的一些定性仪器)。其次，质谱本身也有一个分离作用，就是按照质量的分离，如果液相分离了一次，那LC-MS就分离了两次，而LC-MS/MS就分离了三次，LC-MS3就分离了四次....(3级以上是离子阱质谱的特点)。
LC-MS和LC-MS/MS(或MSn)的区别是：如果你关心的结果是你样品中的主成分，而且是你已经知道的目标物，比如质控、有机合成后看一下纯品、部分的农药全分析工作、药物合成中前导化合物的指导(合成一锅就打一针看看合成得对不对)等等，都可以用LC-MS。因为它很便宜，操作也很简单。即使有些东西液相没分开，但只要你关心的是主成分，影响都不大。通过调整一下液相条件，或做完扫描图直接看提取离子图，或做SIM都可以。这些领域用LC-MS/MS是大材小用，花这么多钱是浪费。
而如果你关心的结果是：
(1)未知的东西，打一针LC-MS无法定性，需要更多的碎片信息;
(2)是混合物中的痕量成分。
那你必须用LC-MS/MS：LC-MS/MS可以给出需要更多的碎片信息，帮助你来定性;
LC-MS/MS可以降低背景噪音，让痕量组分的谱图不受丰量物质的干扰;
LC-MS/MS可以降低很多背景噪音，使你的化合物的灵敏度大幅提高，定量结果变好。
1.LC-MS-MS如何用内内标定量分析?
Q：本人现在用三重四级杆LCMSMS定量分析目标物，但是没有标准品。内标法该具体怎么操作呢?资料说先配制一定重量比的待测组分和内标样品的混合物做色谱分析，测量峰面积，做重量比和面积比的关系曲线，此曲线即为标准曲线，如果这样的话，没有标准品怎么办?
方法一：1)内标法进行定量分析，同样需要待测物标准品。如果没有待测物标准品就不能准确测量其含量，因为无法绘制标准曲线。
2)没有待测物标准品不能准确测量其含量，但可以通过加入内标的方法测量待测物的相对含量，可以比较待测物在各样品中的多少及相差倍数。
3)用LC-MS-MS做定量一般都采用MRM的扫描方式，你没有待测物标准品，就无法建立和优化MRM扫描的质谱参数，这样你只能使用FULL SCAN或SIM的扫描方法。没有待测物标准品，你也无法准确得到待测物在LC上的保留时间，如果你的样品中有与待测物相似质量数的化合物，你得到的色谱峰就不会很纯净，会对你判定那个是你的待测化合物产生干扰。
方法二：没有标准品，就只用面积相对定量。然后选用LCMSMS的SIM模式(样品杂质比较少，选择同位素丰度为100%的分子量，上下增减0.2)。考察因素导致的量的改变比较微量，选择一种物质为回收率指示物(反应液前处理前加入)，一种物质为内标物(前处理后、液相小瓶中进样测试前，在待测样品中加入定量的内标物，然后进行测试)。
2.LC-MS可以进行定量分析吗?
LC-MS如何进行定量分析?请问液质联用中质谱跑出来用于定性的图谱是什么样的，既然是用质谱来进行定量的话，那色谱本身配置的紫外检测器跑出来的图谱用于何用?液质联用有SIM和全扫描的，那么一般在药物代谢动力学试验中一般用哪一种呢?尤其是在对体内药物分析时，内标法用于定量的质谱图是什么样的?
质谱定量分析，使用的一般是LC-MS/MS,不使用LC-MS, 看一下质荷比，推测下分子量。UV可以用来定量，但是在有紫外吸收的干扰峰的时候，定量是不准的。LC-MS/MS使用母离子/子离子来进行定量，相对来说，干扰要少的多，也比较准确，在PK/TK的应用很广泛。这里只有LC-MS/MS定量的谱图，仅供参考!
183.1/141.3 通道的是内标，其他的两个是化合物。
质谱定量中已经被广泛接受的方式是MS/MS定量。这种定量常通过三级四极杆或离子阱质谱实现。要求使用MS/MS的原因是：许多化合物有同样的质量。当使用第①个维度即单级质谱MS去定量时，也会缺乏特异性，尤其是对于像血液那样的复杂的基质。第二个维度的MS(即MS/MS)在大多数情况下，能够提供唯①的断裂。合并特异的母离子质量和唯①的碎片离子信息，可以选择性地监测被定量的化合物。
3.LC-MS-MS如何进行定量分析?
我想用LC-Q-TOF-MS 来做代谢组学，因为是样品是体液含有多种化合物，想加入内标后先进行一个相对的定量来判断含量发生变化的化合物，怎样去定量?用总离子流图好像不合适，如果利用峰面积进行相对定量的话，用哪个图比较合适?必须得用标准品才能定性吗?
LC-MS-MS定量分析使用SIM 或MRM模式。公认的MRM更为准确。SIM使用Q选择性的滤过选中的分子量。但是分子量相同的化合物很多，所以，如果样品稍微复杂的话，SIM基本不合适。
MRM选择母离子和子离子。使用Q过滤母离子，q 轰击母离子，TOF过滤子离子，使子离子被检测器检测到。分子量相同，轰击后产生的子离子不一样的干扰离子就被排除了。所以，MRM模式是更为可靠的LC-MS定量分析方法。MRM检测是离子对。
内标的选择原理是结构基本和待测化合物类似。结构相同或类似，主要是为了满足被离子化的效率与样品类似。这就是为什么很多都选择使用该化合物或此类化合物的氘代化合物。内标的选择还要求其分子量与待测物质不重合(还需要尽量避开化合物的isotopic peak的m/z)，并且可以和待测物质分开。
如果使用MRM, 样品被分开的话，那么理论上来说总离子流图上的每个峰都是代表一种物质。同时使用MRM模式，如果样品们的分子量与子离子不重叠，那么，即使在柱子中不被分开的化合物，也是可以认为在MS中被分开了。
文献报道的液质中几个峰，MRM检测到几十个物质就是多个物质在同一时间从色谱柱跑出来了。虽然出峰时间一样，但是每个化合物的peak应该是软件中可以显示出来的，只不过报道中由于篇幅有限，会被简略掉。
定性的话，需要标品，retention time 需要一致。
定量的话，需要先作标准曲线(峰面积比与浓度)。
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