原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp，真核微生物18S rRNA基因长度为1500 ~ 2000 bp，而ITS区长度为400 ~ 900 bp。在以往的研究中，16S/18S/ITS扩增测序一般基于第二代高通量测序平台，读长较短，通常覆盖16S V3、V4区，18S V9区，而微生物基因突变位点并不是均匀分布的，基于单个可变区的测序分析有可能会高估或低估这些突变，进而影响微生物群落的分类，因此二代扩增子有可能会无法反映微生物群落的真实情况。


而PacBio三代测序可以获得平均15 ~ 20 kb的长读长，在CCS测序模式下，可以实现扩增子的多圈读取，在获得全长扩增子序列的同时，保证了序列的准确性，能够更加真实地反映微生物群落的组成情况。