PCR 克隆技术不依赖于载体的酶切位点，能够根据客户提供的模板序列，设计扩增引物，将目的基因片段直接克隆至任何载体的指定位点，并测序验证，故相比于普通克隆大大节省了时间。

PCR 克隆在进行克隆的过程中就 DNA 片段的两端引物结合区可以引入序列修饰，因而适用范围更广，相应的实验难度也更高一些。