微生物多样性测序基于Illumina第二代高通量测序技术对16S rDNA/18S rDNA/ITS等序列进行测序，能同时对样品中的优势物种、稀有物种及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。