菌种鉴定
- YMFX-031
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- 2022-11-30 17:45:52
北京亿鸣复兴生物科技有限公司
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★实验描述：
环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS等序列）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。
★服务内容：
16S rDNA：编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和可变区，保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
18S rDNA：编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和可变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
ITS1/ITS2：ITS1位于真核生物核糖体 rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体 rDNA 序列5.8S和28S之间。ITS区域进化速率是18S rDNA的10倍之多。
★服务流程：
环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS等序列）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。
★服务内容：
16S rDNA：编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和可变区，保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
18S rDNA：编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和可变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
ITS1/ITS2：ITS1位于真核生物核糖体 rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体 rDNA 序列5.8S和28S之间。ITS区域进化速率是18S rDNA的10倍之多。
★服务流程：
扩增子测序实验流程：
扩增子测序信息分析流程：
★技术优势：
★数据处理展示：
★扩增子测序样品要求：
DNA样品：
1）原始DNA样本(PCR模板)合格条件为PCR产物中有明显特异16S条带；
2）50ulPCR体系对应产物总量至少100ng。
2）50ulPCR体系对应产物总量至少100ng。
电泳图
DNA样品要求无蛋白质、无RNA及其他污染，无明显降解。
组织样品
1）粪便量在200mg以上(体积大概300ul，单次提取用量)；
2）粪便中有异质固体或者含水量较高，样本量应在1g以上；
3）取样本后最好立即冻存在-80冰箱，-20度冰箱次之。
2）粪便中有异质固体或者含水量较高，样本量应在1g以上；
3）取样本后最好立即冻存在-80冰箱，-20度冰箱次之。
土壤样本
1）正常土壤单次提取量在500mg以上，建议至少送两次提取量；
2）土壤中有异质固体或者含水量较高，单次提取样本量应在1g以上；
3）取样本后最好冻存在-80/-20冰箱，防止样本内菌群差异化增殖导致比例变化。
★样品采集注意事项：
2）土壤中有异质固体或者含水量较高，单次提取样本量应在1g以上；
3）取样本后最好冻存在-80/-20冰箱，防止样本内菌群差异化增殖导致比例变化。
★样品采集注意事项：
采集的标本应盛于无菌容器内，确保所采集的标本无外源性的污染；
根据目的菌的种类(需氧菌、厌氧菌等)采用不同的方法采集标本；
所采集的标本必须有代表性，遵循单一变量原则(健康与非健康疾病的不同类型、自身特质等)；
采集量不得过少，否则提取的DNA量过少不能满足后续实验；
对样本的来源、采集过程和方法等作详细记录。
★样品采集及送样建议：
1.粪便样本
A.清晨采集动物的新鲜粪便样品于无菌离心管中；
B.样品带回实验室后分装至5ml或更大体积的EP管或冻存管中(新鲜粪便样品称取2q置于5ml EP中即满足单次提取)，10份；
C.迅速置于-80℃中冷冻3~4小时，然后转移至-80℃中长期保存；
A.早晨采集动物新鲜粪便样品，迅速将粪便样本放于厌氧培养罐中，同时打开厌氧产气袋，将装有粪便样品的厌氧罐和尿样置于冰盒中，30分钟内运至实验室进行样品预处理；
B.样品前处理:称取粪便样本3克。30ml无菌PBS，漩涡2min充分振荡，200×g离心4min取上清干新的50ml无菌离心管中，沉淀重复操作三次;沉淀再次用30ml PBS洗涤，沉淀用10ml PBS重悬，分装于2ml离心管中，10份，干冰上速冻，转移至-80℃保存。
3.各种相关昆虫、动物及相关组织
A.挑取昆虫个体若干，用无菌水漂洗多次冲洗掉体表土壤颗粒，随后用75% 酒精清洗虫体体表并浸泡2min进行体表消毒，最后再用无菌水冲洗2次；
B.无菌条件下剪开虫体，取出肠道，将中肠内含物溶解于1mL无菌水中混匀放入无菌的2mL EP管中，10份，速冻，转移至-80℃保存；
C.运送方式:干冰运输。
4.水样(海洋、湖泊、鱼塘、自来水)
A.采用三点取样法取样，取湖水表层水，样品用经过灭菌的洁净的纯净水瓶进行采集，采样前用所采水样将其反复冲洗数遍；
B用采集回来的水样样品1L通过0.22um滤膜真空过滤，水样中的总微生物被富集在滤膜表面，然后将滤膜保存在5ml buffer(20 mM EDTA、400 mM氯化钠、0.75 M蔗糖、50 mM Tris-Hcl(pH9.0))中，-80℃保存；
C.运送方式:干冰运输。
1.粪便样本
A.清晨采集动物的新鲜粪便样品于无菌离心管中；
B.样品带回实验室后分装至5ml或更大体积的EP管或冻存管中(新鲜粪便样品称取2q置于5ml EP中即满足单次提取)，10份；
C.迅速置于-80℃中冷冻3~4小时，然后转移至-80℃中长期保存；
A.早晨采集动物新鲜粪便样品，迅速将粪便样本放于厌氧培养罐中，同时打开厌氧产气袋，将装有粪便样品的厌氧罐和尿样置于冰盒中，30分钟内运至实验室进行样品预处理；
B.样品前处理:称取粪便样本3克。30ml无菌PBS，漩涡2min充分振荡，200×g离心4min取上清干新的50ml无菌离心管中，沉淀重复操作三次;沉淀再次用30ml PBS洗涤，沉淀用10ml PBS重悬，分装于2ml离心管中，10份，干冰上速冻，转移至-80℃保存。
3.各种相关昆虫、动物及相关组织
A.挑取昆虫个体若干，用无菌水漂洗多次冲洗掉体表土壤颗粒，随后用75% 酒精清洗虫体体表并浸泡2min进行体表消毒，最后再用无菌水冲洗2次；
B.无菌条件下剪开虫体，取出肠道，将中肠内含物溶解于1mL无菌水中混匀放入无菌的2mL EP管中，10份，速冻，转移至-80℃保存；
C.运送方式:干冰运输。
4.水样(海洋、湖泊、鱼塘、自来水)
A.采用三点取样法取样，取湖水表层水，样品用经过灭菌的洁净的纯净水瓶进行采集，采样前用所采水样将其反复冲洗数遍；
B用采集回来的水样样品1L通过0.22um滤膜真空过滤，水样中的总微生物被富集在滤膜表面，然后将滤膜保存在5ml buffer(20 mM EDTA、400 mM氯化钠、0.75 M蔗糖、50 mM Tris-Hcl(pH9.0))中，-80℃保存；
C.运送方式:干冰运输。
