DGGE变性梯度凝胶电泳
- YMFX-030
- 北京亿鸣复兴实验类技术服务
- 北京市
- 一个月内
- 按需定制
- 议价
- 2022-11-30 17:45:58
北京亿鸣复兴生物科技有限公司
一键申请试用
咨询
加入意向单
联系方式
★实验描述：
DGGE变性梯度凝胶电泳：使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中的细菌群落结构；将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。
DGGE作为一种成熟的分子生物学技术被广泛应用于环境科学（土壤、海洋、河流、冰川、淤泥等）、医学（各种疾病治疗前后，病变部位微生物的差异）、人体（鼻咽、口腔、黏膜、肠道）等领域进行微生物多样性分析。
★服务流程：
DGGE变性梯度凝胶电泳：使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中的细菌群落结构；将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。
DGGE作为一种成熟的分子生物学技术被广泛应用于环境科学（土壤、海洋、河流、冰川、淤泥等）、医学（各种疾病治疗前后，病变部位微生物的差异）、人体（鼻咽、口腔、黏膜、肠道）等领域进行微生物多样性分析。
★服务流程：
★数据处理展示：
★提交结果：
PCR结果的胶图、PCR产物的变性梯度凝胶电泳分析图、主要电泳条带的序列测定及其序列分析、测序峰图及序列和测序结果分析报告。
★DGGE技术的优缺点
优点：
1. 高效，理论上可以分离开一个碱基差异的DNA片段。
2. 方便，不用对样品进行标记
3. 快速，对于已知DGGE条件的样品，可在短时间能获取DGGE图谱
4. 直观，DGGE图谱可直观的反应出样品中个组分的丰富度
5. 稳定，DGGE作为一种成熟的技术，可重复性高
6. 可多样本同时分析，展现各样本的差异
缺点：
1.仅能检测样本中的主要微生物，占总量1%以上的微生物才能被检测到。
2. DGGE只能对200-700bp的片段有效地分离，过大或者过小的片段分离效果都不是很好。
3. 因为仪器数值有上限，对于某些某种主要菌株占比较大又要展现大部分条带的样品，通过DGGE图谱不能很好的反映出各个菌株的丰富度。
7. 由于某些种类的16S rDNA不同拷贝之间的多态性问题,可能导致自然群落中细菌数量的过多估计。
★送样要求
1 、环境样品基因组DNA
1） 请提供浓度大于10ng/uL，总量大于500ng的基因组DNA，DNA纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话，可提供电子版DNA电泳检测照片及OD260/280比值。
2） 样品在保存期间避免反复冻融。
3） 送样务必标清楚样品编号，并用parafilm膜对管口进行密封。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。
2、 环境样品
1）送样样品尽量保证新鲜，为了防止微生物死亡或DNA降解，采样后建议立即冰冻保存，如样本极为珍贵，建议采用液氮速冻后-80℃冰箱保存。
2）样品在保存期间避免反复冻融。
3）若是样品中含有大量的腐殖质酸、重金属等PCR反应抑制剂，请在送样时注明。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。
送样条件：
以上两种类型的样本，送样时采用干冰保存运输；若是距离较远，建议采用干冰加冰袋，存放于冰盒中。
3、各类未抽提基因组样品的送样量
土壤：3-5 g（干沙土、干粘土、农田土、堆肥、底泥、泥炭土、淤泥等）
粪便：3-5 g
肠道内容物：3-5 g
动物组织：3-5g（鳃、胃粘膜、肠粘膜、口腔黏膜等）
分泌物：2-3 mL（唾液、鼻涕、汗液、泪水等）
水样：2L以上水过滤后的滤膜，若环境中微生物丰富，可适当减少水的体积。
植物内生菌：10-20g叶片；3-5g根系。
血液：10mL。
叶片：50-100g
以上材料用EP管或螺口管盛装即可。
PCR结果的胶图、PCR产物的变性梯度凝胶电泳分析图、主要电泳条带的序列测定及其序列分析、测序峰图及序列和测序结果分析报告。
★DGGE技术的优缺点
优点：
1. 高效，理论上可以分离开一个碱基差异的DNA片段。
2. 方便，不用对样品进行标记
3. 快速，对于已知DGGE条件的样品，可在短时间能获取DGGE图谱
4. 直观，DGGE图谱可直观的反应出样品中个组分的丰富度
5. 稳定，DGGE作为一种成熟的技术，可重复性高
6. 可多样本同时分析，展现各样本的差异
缺点：
1.仅能检测样本中的主要微生物，占总量1%以上的微生物才能被检测到。
2. DGGE只能对200-700bp的片段有效地分离，过大或者过小的片段分离效果都不是很好。
3. 因为仪器数值有上限，对于某些某种主要菌株占比较大又要展现大部分条带的样品，通过DGGE图谱不能很好的反映出各个菌株的丰富度。
7. 由于某些种类的16S rDNA不同拷贝之间的多态性问题,可能导致自然群落中细菌数量的过多估计。
★送样要求
1 、环境样品基因组DNA
1） 请提供浓度大于10ng/uL，总量大于500ng的基因组DNA，DNA纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话，可提供电子版DNA电泳检测照片及OD260/280比值。
2） 样品在保存期间避免反复冻融。
3） 送样务必标清楚样品编号，并用parafilm膜对管口进行密封。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。
2、 环境样品
1）送样样品尽量保证新鲜，为了防止微生物死亡或DNA降解，采样后建议立即冰冻保存，如样本极为珍贵，建议采用液氮速冻后-80℃冰箱保存。
2）样品在保存期间避免反复冻融。
3）若是样品中含有大量的腐殖质酸、重金属等PCR反应抑制剂，请在送样时注明。
4）请务必填写完整的送样订单，并用自封袋密封后同样品一起送样，以便收到样品后妥善保存。
送样条件：
以上两种类型的样本，送样时采用干冰保存运输；若是距离较远，建议采用干冰加冰袋，存放于冰盒中。
3、各类未抽提基因组样品的送样量
土壤：3-5 g（干沙土、干粘土、农田土、堆肥、底泥、泥炭土、淤泥等）
粪便：3-5 g
肠道内容物：3-5 g
动物组织：3-5g（鳃、胃粘膜、肠粘膜、口腔黏膜等）
分泌物：2-3 mL（唾液、鼻涕、汗液、泪水等）
水样：2L以上水过滤后的滤膜，若环境中微生物丰富，可适当减少水的体积。
植物内生菌：10-20g叶片；3-5g根系。
血液：10mL。
叶片：50-100g
以上材料用EP管或螺口管盛装即可。
