转录组测序
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- 2022-11-30 17:47:27
北京亿鸣复兴生物科技有限公司
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- 转录组测序
★服务描述：
转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。
转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。广义转录组（Transcriptome）系指从一种细胞或者组织的基因组所转录出来的RNA的总和，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA（rRNA,tRNA,snoRNA,snRNA,microRNA和其他非编码RNA等）。狭义转录组系指所有参与翻译蛋白质的mRNA总和。
目前基于新一代高通量测序技术的转录组测序已经成为生物生长发育调控和逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病发生发展的重要机制以及发现致病基因调控的关键靶点等方面的最佳研究手段
转录组测序(Transcriptome sequencing)是利用第二代高通量测序技术全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，以研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。
★服务优势：
与传统的芯片杂交平台相比较，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围。
★服务应用：
1、大规模功能基因的发现
2、低丰度及新转录本的发现
3、基因表达差异研究
4、特定组织或条件下新可变剪切的发现
5、SNP、SSR 检测与分析
★服务内容：
1、原始数据质量分析
2、测序数据质量控制
3、转录组 mapping 至参考基因组（有参转录组）
转录组拼接（无参转录组）
4、转录组整体质量评估（测序饱和度分析、冗余序列分析、基因覆盖度分析、Reads 在基因组分布情况）（有参转录组）
5、 转录组注释（Nr 注释、GO 注释、COG 注释、KEGG pathway 注释）
6、分析表达差异
7、差异基因 VEN 图（样本个数≥3，2≤差异表达分组≤5）
8、差异基因表达模式聚类及表达模式折线图（样本数≥2）
9、GO 和 KEGG 富集显著性分析
10、SSR、SNP 分析
11、可变剪切分析（有参转录组）
12、新转录本预测（有参转录组）
13、显著性 GO 有向无环图
14、基因共表达网络构建
15、Ipath 整合分析
16、蛋白网络分析（模式物种）
★服务步骤：
转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。
转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。广义转录组（Transcriptome）系指从一种细胞或者组织的基因组所转录出来的RNA的总和，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA（rRNA,tRNA,snoRNA,snRNA,microRNA和其他非编码RNA等）。狭义转录组系指所有参与翻译蛋白质的mRNA总和。
目前基于新一代高通量测序技术的转录组测序已经成为生物生长发育调控和逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病发生发展的重要机制以及发现致病基因调控的关键靶点等方面的最佳研究手段
转录组测序(Transcriptome sequencing)是利用第二代高通量测序技术全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，以研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。
★服务优势：
与传统的芯片杂交平台相比较，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围。
★服务应用：
1、大规模功能基因的发现
2、低丰度及新转录本的发现
3、基因表达差异研究
4、特定组织或条件下新可变剪切的发现
5、SNP、SSR 检测与分析
★服务内容：
1、原始数据质量分析
2、测序数据质量控制
3、转录组 mapping 至参考基因组（有参转录组）
转录组拼接（无参转录组）
4、转录组整体质量评估（测序饱和度分析、冗余序列分析、基因覆盖度分析、Reads 在基因组分布情况）（有参转录组）
5、 转录组注释（Nr 注释、GO 注释、COG 注释、KEGG pathway 注释）
6、分析表达差异
7、差异基因 VEN 图（样本个数≥3，2≤差异表达分组≤5）
8、差异基因表达模式聚类及表达模式折线图（样本数≥2）
9、GO 和 KEGG 富集显著性分析
10、SSR、SNP 分析
11、可变剪切分析（有参转录组）
12、新转录本预测（有参转录组）
13、显著性 GO 有向无环图
14、基因共表达网络构建
15、Ipath 整合分析
16、蛋白网络分析（模式物种）
★服务步骤：
★需要提供的信息：
1、物种名称
2、是否有参考基因组，参考基因组的链接
★服务承诺：
Q30>=80%
★服务说明：
1、送样要求
组织样品
1. 动物组织：>2g
2. 植物组织：>4g
3. 细胞培养：>1*107 个
4. 血液样品：≥2ml
RNA 样品
1. 请提供浓度≥ 200ng/μL，总量≥10μg 的 RNA（单次建库用量为 5μg）
2. OD260/ 280 介于 1.8 ~ 2.2 之间 ，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S≥1.0，确保 RNA 无降解
3. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用 Parafilm 膜密封
4. 样品保存期间切忌反复冻融
5. 送样时请使用干冰运输
cDNA 样品
1. 样品需求量（单次）： 建议送样量≥2ug，对于总量≥500ng 的样本可以采用风险建库
2. 样品浓度： 最低 10ng/ul
3. 样品纯度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥6.5
4. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输
2、风险提示
1、如果实验样本量不满足普通建库的需要，可以根据实验情况进行风险建库评估。若采用风险建库，则对于后续测序数据数量与质量不做承诺。
2、由于 RNA 具有时空表达特异性，所以转录组项目如果可以请就实验目的与实验方案与我们沟通。
★其他服务项目：
1、物种名称
2、是否有参考基因组，参考基因组的链接
★服务承诺：
Q30>=80%
★服务说明：
1、送样要求
组织样品
1. 动物组织：>2g
2. 植物组织：>4g
3. 细胞培养：>1*107 个
4. 血液样品：≥2ml
RNA 样品
1. 请提供浓度≥ 200ng/μL，总量≥10μg 的 RNA（单次建库用量为 5μg）
2. OD260/ 280 介于 1.8 ~ 2.2 之间 ，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S≥1.0，确保 RNA 无降解
3. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用 Parafilm 膜密封
4. 样品保存期间切忌反复冻融
5. 送样时请使用干冰运输
cDNA 样品
1. 样品需求量（单次）： 建议送样量≥2ug，对于总量≥500ng 的样本可以采用风险建库
2. 样品浓度： 最低 10ng/ul
3. 样品纯度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥6.5
4. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输
2、风险提示
1、如果实验样本量不满足普通建库的需要，可以根据实验情况进行风险建库评估。若采用风险建库，则对于后续测序数据数量与质量不做承诺。
2、由于 RNA 具有时空表达特异性，所以转录组项目如果可以请就实验目的与实验方案与我们沟通。
★其他服务项目：
★项目一般流程：
