蛋白质（protein）是有机大分子，是构成细胞的基本有机物和生命活动的主要承担者。蛋白质在催化生命体内各种反应进行、新陈代谢、抵御外来物质入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用。蛋白质的一级结构是氨基酸序列，通过鉴定氨基酸序列来匹配它的蛋白质，这是定性研究，是蛋白质组学的基础，也是蛋白质组学的核心技术之一。

        质谱一般由离子源（Ion source）、质量分析器（Mass analyzer）和离子检测器（Detector）三部分组成。传统的质谱仅用于小分子挥发物质的分析，但随着新的离子化技术的出现，如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)和电喷雾电离质谱(ESI-MS)等，各种质谱技术的出现为蛋白质分析提供了一种新的且准确快速的途径。现在蛋白质组学基本研究手段是：以生物质谱技术为核心，对蛋白质进行大规模、高通量分离、鉴定和分析。

     蛋白质质谱鉴定的基本原理是用蛋白酶将蛋白质消化成肽段混合物，经MAILDI或ESI等软电离手段将其离子化，然后通过质量分析器将具有特定质核比的肽段离子分离开来。通过实际谱图和理论上蛋白质经过蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行的比对，进行蛋白鉴定

技术特点

1、高通量、自动化程度高、分离能力强；

2、通用性强，可分析蛋白质条带、免疫共沉淀洗脱液、组织提取液、全细胞裂解液、亚细胞分离组分等多种形式的样品。

        金纬标检测结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统，提供专业准确的蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白鉴定服务。可鉴定的样品包括：1D-SDS PAGE分离的蛋白胶条，2DE PAGE中的蛋白胶点，蛋白表达产物，免疫共沉淀（Co-IP）样品。其中，蛋白质样品的鉴定前处理过程严格按照Nature Methods发表的文章：Universal sample preparation method for proteome analysis进行，保证鉴定试验中得到更高的肽段覆盖率。

蛋白质质谱鉴定流程

关于样品

1D SDS PAGE /2D PAGE gels样品： 

1. Coomassie Blue, SYPRO Ruby 以及Silver stain样品均可进行蛋白的鉴定试验；

2. 银染的样品有可能与后续的质谱分析不兼容，我们推荐您使用下面的产品或者实验步骤进行银染实验：

ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2)

Dodeca Silver Stain, BioRad (Product # 161-0481 or 161-0480)

3. 银染的样品请不要进行脱色处理 

液体样品（In solution format）： 

1. 假如样品中蛋白量＞10ug，我们对样品的缓冲体系没有要求；

2. 假如样品中蛋白量＜10ug，样品准备过程中尽量减少SDS等表面活性剂的使用，并注意降低盐浓度；

3. 提交样品过程中，注意提供样品的缓冲体系和样品中蛋白的预估含量； 

Co-IP样品： 

1. 如果您洗脱的样品需要跑胶，请按照1D SDS PAGE样品准备要求准备样品即可；

2. 如果您直接提交洗脱样品，我们推荐使用HPH EB (0.5 M NH4OH, 0.5 mM EDTA) 缓冲体系进行蛋白洗脱，保证洗脱缓冲体系与后续的质谱实验兼容； 

样品运输：

1. 我们推荐您将样品冻干后进行运输，冻干样品中蛋白非常稳定。

2. 液体样品推荐干冰运输，短途运输冰袋也可以。