宏基因组学（Metagenomics），是利用新一代高通量测序技术（NGS）以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、 种群结构、进化关系的基础上，进一步探究微生物群体功能特性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。与传统微生 物研究方法相比，宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点，近年来在环境微生物学研究应用广泛。