产品介绍

多组学方法可帮助科研人员从单个细胞中获取更多信息，从而改变人们对生物学的理解，并发现隐藏的线索。10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达以数千个细胞为研究对象，同时分析同一细胞中的基因表达和开放染色质。

该方法可以构建细胞的基因表达谱及其表观基因组图谱的一体化视图。同时采用两种模式，能够提高细胞状态的分辨率，鉴定差异基因表达的驱动因素，并发现转录谱相似但染色质谱在功能上不同的细胞。实现了同一单细胞的多组学分析，有助于了解肿瘤异质性的驱动因素、治疗耐药的机制以及与神经退行性或免疫性疾病相关的细胞类型。

技术亮点

• 采用鉴定开放染色质区域的染色质转座酶可接近性分析（ATAC）以及RNA-seq，将表观基因组和基因表达分析相结合，大大提升科研人员的探索能力

• 通过转录和表观基因组的关联分析来加深研究人员对细胞类型和状态的鉴定

• 发现新的基因调控相互作用

• 使用关键的表达标志物来轻松解释表观遗传图谱

• 通过同一细胞的多个读数，从宝贵样本中获得最大量的信息

平台优势

在每个通道中高效分配500-10,000个细胞核，每次运行最多可分析80,000个细胞核

可扩展；最多可平行运行8个样本

细胞核回收率高达65%

高灵敏度

微流体双重率低（每1,000个细胞核低于1%）

经过细胞系、原代细胞、冷冻保存样本以及新鲜和冻存组织的验证

应用

生物标志物发现

细胞谱系和发育程序追踪

细胞异质性以及稀有细胞群体的检测

基因调控网络

对治疗干预的反应

结果展示

△ 同一细胞中同时检测基因表达和染色质状态  

采用10x Genomics单细胞多组学ATAC + 基因表达，对从健康的外周血单核细胞（PBMC）中提取出的细胞核进行处理

A. 通过基因表达数据对7,273个细胞核进行聚类分析，并根据已确定的标志物基因对细胞群体进行注释

B. 观察各个细胞类型中转录因子NFE2L2的表达

C. 然而，根据同一细胞的ATAC数据得出的NFE2L2 motif（插图）可接近性仅限于单核细胞群体。 NFE2L2表达与motif可接近性之间的差异可能反映了其功能状态。

在正常情况下， NFE2L2产生的蛋白仍被隔离在细胞质中，但在应对氧化应激时，蛋白将易位到细胞核中，调控抗氧化蛋白的表达

△ 与目标基因直接关联的推定调控元件的鉴定  

LEF1的整体关联表示在1 Mb窗口内与LEF1基因表达正相关（蓝色弧线）或负相关（红色弧线）的开放染色质峰，

所使用的样本是与图1相同的7,273个PBMC细胞核按照细胞类型对LEF1表达水平和开放染色质峰进行颜色编码。 

LEF1的细胞类型特异性表达与LEF1启动子附近的连锁开放染色质区域相关，它们主要集中在初始和记忆T细胞（蓝色框）

对于LEF1表达较低的细胞，如单核细胞和髓样树突状细胞，每种细胞都在数百kb外有一个可能被抑制的开放染色质区域（红色框）