二维凝胶电泳技术中要求最高，最重要的部分，是对得到的蛋白质图像进行分析，图像信息将被比较及自动化分析。比较二维凝胶图像以检测单个样品或不同群体之间蛋白质的定性和/或定量表达变化。二维凝胶的成像分析可以提供各种类型的信息，以检测新型、缺失或修饰的蛋白质，蛋白质斑点的定量，蛋白质斑点的pI和Mr值测定，酶解和质谱检测。

蛋白质图像分析

为了分析和比较复杂的二维图像，需要使用扫描仪或相机将凝胶图像信息转换为数字信息，以便使用计算机软件进行深入分析。在图像分析过程中，一般使用100 mm的像素进行扫描，较高的像素分辨率并不能改善图像分析质量，反而导致图像文件太大而无法在合理的时间内处理完毕，且会占用大量硬盘空间。