DNA甲基化(850K芯片)测序
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- 2022-12-01 10:21:14
合肥麟美生物科技有限公司
DNA甲基化是指生物体在DNA 甲基转移酶 (DNA methyltransferase ,DMT ) 的催化下,以 S-腺苷甲硫氨酸(SAMSAM )为甲基供体,将甲基转移到特定的碱基上的过程。DNA甲基化可以发生在腺嘌呤的 N-6位、胞嘧啶的N-4位、鸟嘌呤的N-7位或胞嘧啶的 C-5位等。
Illumina 的甲基化芯片 Infinium MethylationEPIC BeadChip(简称 850k 芯片), 提供了性能优越且经济可靠的甲基化解决方案。850K 芯片是在原450K芯片的基础上,在数据上既包含了原450K芯片91%的位点,又增加了 413,745 个位点(总共 853,307 个 CpG 位点)。850K 芯片多方面覆盖基因启动子区、基因编码区、CpG岛以及 ENCODE 及FANTOM5 计划中发现的增强子区。
850K 甲基化芯片不但是肿瘤和其他复杂疾病研究的有力工具,也是目前适合表观全基因组关联分析(EWAS)研究的DNA甲基化研究技术。
850K 芯片技术优势
多方面的基因组覆盖范围:检测>853,307个CpG位点,多方面覆盖CpG岛、启动子、编码区及增强子
高质量的数据:沿用了450k芯片的Infinium技术,同时采用Infinium I及II探针设计,使检测范围较大化
分辨率高:单碱基分辨率,可以直接检测到发生甲基化的准确位点
可重复性高:自身技术重复间的相关性以及与450K相同探针间的相关性R2 >0.98
起始模板量低:仅需250ng,大大节约了样品量,适用于FFPE样品
样本类型
动、植物组织、细胞等
每个样品总量不少于2ug,低浓度不低于50ng/ul,OD 260/280值应在1.7~1.9 之间,基因组完整、无降解、无RNA污染。
标准信息分析
A. 甲基化与表达谱相关性热图,此类型的图也可展示其他不同组学的相关性。
B. 基因组、转录组与甲基化组变异通路图,可在同一张图上展示通路中的基因组、转录组与甲基化组等不同组学上的变异,以及多组学的变异对通路的影响。
C. 关键基因的多组学相关性图,以相关性图的形式,同时展示关键基因在基因组、转录组与甲基化等多组学层面上的相关性,共变异或甲基化状态。