台盼蓝常用于检测细胞膜的完整性。一般活细胞的细胞膜结构完整且具有选择通透活性，可排斥台盼蓝染料。当细胞损伤或者死亡时，细胞膜不完整或其通透性会增加，因而台盼蓝可穿透变性的细胞膜进入到细胞内，将死细胞染成蓝色。在世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单中，属于2B类致癌物，使用过程中，需要注意防护，切勿直接接触到皮肤或者黏膜。台盼蓝不仅对人体有毒害作用，对细胞也有一定的毒性。

由于台盼蓝为非特异性的细胞染料，仅通过膜完整性对样品进行筛选区分，没有一个客观的执行标准来观察细胞与一些如膜碎片的杂质或者台盼蓝中本身的杂质的区别，也容易产生系统误差。

2018年9月，美国药典出台了关于细胞冷冻保存的政策明确提出，对于冻存复苏的样本，类似于台盼蓝的染料来检测细胞完整性的方法用的越来越少，因为其不能很好的辨别冻存和复苏的细胞，这种检测方法经常需要特定细胞种类并且指定合适的浓度和时间。所以荧光染料越来越多的应用于复苏细胞的浓度活率检测。建议至少选用两种方法对复苏后的细胞进行活率检测。

相较于台盼蓝染色，AO/PI双荧光染色计数法这种更精确的染色鉴定方法在细胞治疗等高要求行业广泛应用。常用于原代细胞如PBMCs等计数若配置红绿两种荧光，就可以使用AO/PI双染法进行细胞活率的计算，该染色法可解决台盼蓝只能通过胞膜完整性来判断的问题。AO（Acridine Orange）又称为吖啶橙，PI（Propidium Iodide）又称为碘化丙锭，可分别将DNA染成绿色和红色，但是由于AO具有膜通透性而PI无膜通透性，所以活细胞会被染成绿色而死亡的细胞会呈红色，同时由于凋亡细胞中因染色质固缩或断裂为大小不等的片段形成了凋亡小体，AO或将凋亡小体染上致密浓染的黄绿色碎片颗粒，以此来精准地测定细胞活率。

由于AO/PI皆为核酸染料，所以相关杂质皆不会被染色。在生物医药领域研究中，原代细胞有着不可替代的地位，但是由于原代细胞分离自新鲜组织器官，在分散和消化时难免会将杂质混入细胞样品，所以在进行原代细胞分离时会经常使用AO/PI来计算监测细胞样品的活率和纯净度，以保证在计数时不会计入杂质。

此外，在分离PBMC进行下游实验之前一定要对其进行计数，但经常混入杂质，尤其是血小板和红细胞，如果使用裂红液可能会影响细胞的整体状态，这时就需要使用AO/PI来进行染色，因为哺乳动物红细胞没有细胞核且血小板和细胞碎片不会被染色而排除，所以只有含核的白细胞会被染色并计数。

细胞转染是将重组DNA导入受体真核细胞的操作，广泛应用于分子生物学相关研究领域，为了验证目的基因能被正确的有效表达，在构建重组DNA时常在下游编码区插入可直接检测的报告基因，目前最常用为绿色荧光蛋白（Green fluorescent protein，GFP）和红色荧光蛋白（Red fluorescent protein，RFP）。两种荧光蛋白被正确表达后会在对应波长下分别呈现绿色和红色，所以在完成转染操作后的验证过程中必须要通过荧光显微镜来观察并计算转染的成功效率，同时还可以使用DAPI将细胞核染为蓝色，方便观察。配置绿蓝或者红蓝两种荧光，可同时检测GPF & DAPI或者RFP & DAPI，通过计算明场下细胞和不同荧光下的细胞数量，得出转染操作成功且目的基因能正确表达的细胞占比，即转染效率。