蛋白质差异性分析能够极大地推动发现新的生物标志物，提升生物标志物鉴定的精准度，对临床疾病分析具有重要价值。百泰派克能够基于统计学数据提供更精准的蛋白质差异分析，以发现在不同生理状态下和不同组织中的蛋白质水平表现的显著差异。在差异表达蛋白统计过程中，将FC≥1.3(或≤1/1.3)作为差异蛋白的统计标准。FC≥1.3的蛋白认为是上调（up-regulation），FC≤1/1.3的蛋白认为是下调（down-regulation）。差异表达蛋白数目统计如下表：

差异表达蛋白数目统计表

1. 韦恩图

通过韦恩图可以清晰看出两组差异组合之间的共有和特有差异表达蛋白数量：

图1 差异表达蛋白韦恩图

2. 火山图

通过火山图（Volcano Plot）可以快速地查看蛋白在两个（组）样品中表达水平的差异，以及差异的统计学显著性。

图2 差异表达蛋白火山图

注：差异表达火山图中的每一个点表示一个蛋白，横坐标表示某一个蛋白在两样品中表达量差异倍数的对数值；纵坐标表示t检验p value。横坐标绝对值越大，说明表达量在两样品间的表达量倍数差异越大；纵坐标值越大，表明差异表达越显著，筛选得到的差异表达基因越可靠。图中绿色的点代表差异表达下调蛋白，红色的点代表差异表达上调蛋白，黑色表示非差异表达蛋白。