菌种（单菌）鉴定
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- 2022-06-22 09:54:49
北京阅微基因技术股份有限公司
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- 菌种鉴定微生物分析生物制药
微生物种属鉴定在食品发酵、生物制药、环境监测和农业畜牧等多个领域中扮演着重要角色。菌种鉴定的常规手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定和分子生物学鉴定等，而通过分子生物学的方法进行菌种鉴定更为直接和可靠。核糖体RNA（rRNA）是生物细胞中主要的核糖核酸之一，在细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA中有多个保守性的区段，同时也具有高度变化特异性区域，根据保守区可以设计出通用引物，用于扩增出细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA片段。后经过测序，对高度变化的特异区域进行分析比对，就可实现菌种鉴定的目的。除此之外，还可基于高通量测序平台对微生物基因组进行鉴定，通过测序、组装、功能注释和结构比较等工作，在微生物全基因组层面上对单核苷酸多态性（SNPs）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）等一系列变异信息的分析，在完成菌种鉴定的同时，深入解析其性状特征和差异。
服务项目
服务优势
· 依托中科院微生物所平台，在菌种鉴定上拥有丰富的经验。
· 结果准确可靠：严格控制交叉污染，测序信号准确可靠。
· 结果准确可靠：严格控制交叉污染，测序信号准确可靠。
· 合作客户众多，涵盖食品发酵、生物制药、环境监测和农业畜牧等多个领域。
提供结果
■ 菌种16S/18S/ITS鉴定结果
扩增子Sanger测序序列结果
NCBI数据库比对结果
使用Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度
■ 菌种基因组重测序结果
基因组注释统计
基因组环状注释图
COG功能注释图
送样要求
合作案例
某大分子新药研发企业的QC部门委托进行一株菌种的鉴定。根据客户需求，对此细菌进行16S rDNA全长一步扩增后进行Sanger测序，得到的序列得结果进行比对。
菌种样本与Sanger测序峰图
Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度前10结果
在比对NCBI数据库，并用Ezbiocloud评估16S rDNA序列相似度后得出结论：该菌株属于杆菌纲(Bacilli)，第三节类芽胞杆菌科(Paenibacillaceae)，短芽孢杆菌属(Brevibacillus) 。根据16S rDNA基因序列比对最贴近的结果显示，该菌在种级别上属于Brevibacillus agri。
