

circRNA测序
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- 合肥麟美
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- 2022-12-01 10:08:50
合肥麟美生物科技有限公司
circRNAs(Circular RNAs,环状RNA)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNAs广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。
最近的研究证实,circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。然而,circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。
技术优势
◆ 文库优化:采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案,既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列,也可以仅保留环状RNA序列。
◆ 分析多方面:多方面分析和鉴定样本环状RNA和长链线性RNA(包括mRNA和lncRNA)。
◆ 方案系统:从circRNA发掘与表达分析,环状RNA与长链线性RNA互作分析,到ceRNA调控机制探析,由研究人员自由选择研究方案。
产品优势:
分析内容多方面:不限于对已知circRNA的研究分析,并设置严格的筛选条件预测新的circRNA;
数据信息量大:可一次性获得样本中几乎所有的circRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和多方面性;
测序物种多元:对包括人类、动植物在内的许多物种的circRNA进行鉴定和分析;
标准生信分析
1.测序数据及其质量控制:
测序碱基质量值
测序数据产出统计
2.circRNA鉴定:
CircRNA的长度分布
CircRNA 的来源统计
已知CircRNA的注释
3.CircRNA的表达及差异表达:
CircRNA的表达水平分析
CircRNA差异表达分析结果
差异表达CircRNA筛选、
差异表达CircRNA聚类分析
4.差异CircRNA来源基因富集分析:
差异CircRNA来源基因的GO分类
差异CircRNA来源基因的GO富集层次分析
差异CircRNA来源基因的COG注释、
差异CircRNA来源基因KEGG注释
差异CircRNA来源基因KEGG通路富集分析
样品要求:
1. 样品类型:总RNA;
2. 样品浓度:≥200 ng/ul;
3. 样品总量:≥10ug;
4. 样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值;无基因组DNA污染;
5. RNA完整性:电泳检测28S/18S≥1.5。(据送样日最近的电泳结果)