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计算机辅助药物设计平台
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  • 2023-11-30 11:12:23

维亚生物科技(上海)有限公司

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计算机辅助药物设计致力于应用各类计算机模拟技术来加速药物发现和设计进程,与化学和生物实验结合,更高效地推进药物开发项目进程。其以物理学、结构化学、药物化学、生物化学、分子生物学等学科为基础,以量子化学、分子力学等为理论依据,借助计算机数值计算和逻辑判断、数据库、图形学、人工智能等处理技术,展开基于结构的药物设计。

 
  1. 计算化学技术
     

    计算化学技术主要为化学小分子药物设计提供计算指导和帮助。从靶标分析、高通量筛选分析、苗头化合物发现、先导化合物发现、先导化合物优化到成药性预测,计算化学均可以提供相应的模拟分析。团队由多位拥有制药经验的计算化学家组成,采用各类先进计算化学工具,完成化合物的设计筛选优化一站式服务。

     

    Virtual screening流程:

     

     

    Shape Screening/Pharmacophore models:

     

     

    Library enumeration:

     

     

    ADMET Predictions:

  2. 计算生物学技术
     

    计算生物学技术主要为生物大分子药物设计,如多肽、蛋白药物、核酸药物和抗体,提供计算指导和帮助。以结构为基础,计算工具可以为大分子与靶标之间的结合进行预测,并帮助设计改造大分子药物。针对抗体药物,计算工具可以服务于抗体人源化、亲和力成熟、性质预测等,大大降低传统实验室中抗体设计的成本并缩短研发时间。

     

    Antibody humanization workflow:

     

     

    Affinity maturation:

技术与平台
  • 蛋白序列比对
  • 同源模建及蛋白结构比对
  • 结合口袋可药性分析
  • 受体配体分子对接
  • 定量构效关系分析
  • 药效团分析
  • 虚拟筛选(基于对接和/或药效团)
  • HTS/DEL library 筛选结果分析
  • 小分子化合物库构建
  • 分子动力学模拟
  • 结合自由能计算
  • 量子化学计算
  • 化合物子结构搜索
  • 化合物相似性搜索
  • 化合物聚类
  • 化合物溶解性预测
  • P450 酶底物或抑制剂预测
  • hERG 毒性预测
  • P-gp 底物预测
  • 化合物毒性预测
  • 微粒体稳定性预测
  • 药物相关数据库查询和数据整合
  • 蛋白 - 蛋白 / 蛋白 -DNA/ 受体 - 抗体对接
  • 抗体结构预测
  • 抗体人源化设计
  • 抗体亲和力成熟
  • 抗体溶解度等性质预测
  • 机器学习建模

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