Hieff NGS®快速标记DNA转座酶法建库试剂盒|Fast Tagment DNA Library Prep Kit
- 12207ES96
- 翌圣
- 上海市
- 现货
- 96 T
- 23855 元
- 2023-04-06 16:48:44
翌圣生物科技（上海）股份有限公司
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产品描述
Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for 50 ng)是针对lllumina®高通量测序平台专业开发设计的转座酶法建库试剂盒，适用于50 ng的基因组DNA、cDNA、扩增子 (>500 bp)等样本的建库。与常规分步法建库相比，Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina®采用新型转座酶和优化的缓冲体系，仅需10 min即可完成DNA片段化、末端修复和接头连接过程，显著缩短建库时间至1.5小时以内，并获得优异的测序质量。此外，本试剂盒已经不同GC含量DNA样本的验证，无偏好性或仅具有极低的偏好性。本试剂盒提供的所有试剂盒组分，都经过严格的质量与功能验证，最高程度保障产品优异性能与批间稳定性。
产品组分
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组分编号
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组分名称
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8 T
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24 T
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96 T
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12207-A
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5×Reaction Buffer
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80 μL
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240 μL
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960 μL
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12207-B
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Transposome Mix V50
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40 μL
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120 μL
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480 μL
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12207-C
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6×Terminate Solution
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80 μL
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240 μL
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960 μL
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12207-D
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PCR Primer Mix
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24 μL
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72 μL
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288 μL
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12207-E
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2×Ultima Amplification Mix
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200 μL
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600 μL
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2400 μL
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12207-F
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N5 (N501)*
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8 μL
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-
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-
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12207-G
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N7 (N701)*
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4 μL
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-
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-
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12207-H
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N7 (N702)*
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4 μL
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-
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-
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注意：*测序时Index序列N501-TAGATCGC，N701-TAAGGCGA，N702-CGTACTAG。
运输与保存方法
冰袋运输。所有组分-20°C保存，有效期1年。
注意事项
一、关于操作
1. 为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
2. 请于使用前将试剂盒各组分置于室温解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀，短暂离心后置于冰上待用。
3. 配制各步骤反应液时推荐使用移液器吹打或轻轻振荡混匀，剧烈振荡可能会造成文库产出下降。
4. 为避免样品交叉污染，推荐使用带滤芯的枪头，吸取不同样品时请更换枪头。试剂吸取时应保证枪头适当深入液体，排出时应确认枪头无残留。
5. 推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应，使用前应预热PCR仪至反应温度附近。
6. PCR产物因操作不当极容易产生气溶胶污染，进而影响实验结果准确性。推荐将PCR反应体系配制区和PCR产物纯化检测区进行强制性的物理隔离；使用专用的移液器等设备；并定时对各实验区域进行清洁（使用0.5%次氯酸钠或10%漂白剂进行擦拭清理），以保证实验环境的洁净度。
7. 本产品仅作科研用途！
二、关于产品原理
本产品基于转座酶法开发，其核心原理是转座酶及其转座机制。在Transposome Mix中包含由转座酶和两种等摩尔的接头Adapter 1和Adapter 2构成一个完整的转座子。转座发生时，该转座子将Adapter 1和Adapter 2接头序列插入靶基因中，形成一端带有Adapter 1，一端带有Adapter 2的DNA，之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)以及P5和P7 (PCR Primer Mix)两对引物扩增，产物经分选和纯化后即为可测序文库。
图1 Fast Tagment DNA建库试剂盒原理
三、关于DNA片段化 (DNA Tagment)
1. 本试剂盒使用转座酶进行DNA片段化。如DNA样品为PCR产物，应保证其长度>500 bp。因转座酶无法作用于DNA末端，因此PCR产物最末端50 bp测序覆盖度可能会有所降低。我们推荐您在制备PCR产物时将待测区域两末端各延长50-100 bp，以避免末端测序覆盖度降低的情况。
2. 本试剂盒适用50 ng Input DNA。在Input DNA投入前，应将其纯化并溶于灭菌蒸馏水中，A260/A280 = 1.8-2.0，并使用基于双链DNA荧光染料的方法，如Qubit®、PicoGreen®等进行定量。【注意：因Transposome Mix对DNA浓度非常敏感，所以准确的DNA浓度测定对实验成功与否至关重要。】
四、关于磁珠纯化与分选 (Bead-based Clean Up and Size Selection)
1. 磁珠使用前应先平衡至室温，否则会导致得率下降、分选效果不佳。
2. 磁珠每次使用前都应充分振荡混匀或使用移液器上下吹打充分混匀。
3. 转移上清时，请勿吸取磁珠，即使微量残留都将影响后续文库质量。
4. 磁珠漂洗使用的80%乙醇应现用现配，否则将影响回收效率。
5. 磁珠使用过程中，应保证移液准确性。
6. 产物洗脱前应将磁珠置于室温干燥。干燥不充分容易造成无水乙醇残留影响后续反应；过分干燥又会导致磁珠开裂进而降低纯化得率。通常情况下，室温干燥3-5 min足以让磁珠充分干燥。
7. DNA纯化或长度分选产物如需保存，可使用0.1×TE Buffer洗脱，产物于4°C可保存1周，-20°C可保存1个月。
五、关于文库扩增 (Library Amplification)
1. 使用本试剂盒必须进行文库扩增步骤。因转座反应产物并非完整的双链DNA文库，必须通过PCR反应生成完整的DNA文库。
2. 当Input DNA量为50 ng时，推荐使用5-9个扩增循环，7个循环的文库产出约为900 ng。
六、关于文库质检 (Library Quality Analysis)
1. 通常情况下，构建好的文库可通过长度分布检测和浓度检测来进行质量评价。
2. 文库浓度检测可使用：基于双链DNA荧光染料的方法，如Qubit®、PicoGreen®等；基于qPCR绝对定量的方法。
3. 推荐使用qPCR方法进行文库浓度检测：Qubit®、PicoGreen®等基于双链DNA荧光染料的浓度测定方法时，无法有效区分单端连接Adapter的产物、两端均未连接Adapter的产物以及其他不完整双链结构产物；qPCR绝对定量基于PCR扩增原理，仅定量样品中两端Adapter完整的文库（即可测序的文库），可排除单端或双端都不连接Adapter的不可测序文库的干扰。
4. 文库浓度检测不可使用：基于光谱检测的方法，如NanoDrop®等。
5. 文库长度分布检测，可通过Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛细管电泳或微控流原理的设备进行检测。
使用方法
一、自备材料
1. 纯化磁珠：Cat#12601，Hieff NGS® DNA Selection Beads或Cat#A63880，AMPure XP Beads或其他等效产品。
2. 文库质控：Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer或其他等效产品。
3. N5 (N5XX)和N7 (N7XX) Index引物： Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina® (96 Index) (Cat#12610)。
4. 其他材料：无水乙醇、灭菌超纯水、TE Buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.5; 0.1 mM EDTA)、低吸附EP管、PCR管、磁力架、PCR仪等。
二、操作流程
图2 Fast Tagment DNA建库试剂盒操作流程
三、操作步骤
3.1 DNA片段化 (DNA Tagment)
1. 准备工作：将Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室温平衡至少30 min。配制80%乙醇。将5×Reaction Buffer、6×Terminate Solution室温解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于无菌PCR管中配制表1所示反应体系。
表1 片段化反应体系
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名称
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体积 (μL)
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50 ng Input DNA
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x
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5×Reaction Buffer
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10
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Transposome Mix V50
|
5
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ddH2O
|
Up to 50 μL
|
3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表2所示反应程序，进行片段化反应。
表2 片段化反应程序
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温度
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时间
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|
热盖105°C
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On
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55°C
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10 min
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|
4°C
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Hold
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5. 终止反应：立即向反应物中加入10 μL 6×Terminate Solution，使用移液器轻轻吹打混匀，短暂离心，55℃反应10 min，如表3。
表3 终止反应程序
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温度
|
时间
|
|
热盖105°C
|
On
|
|
55°C
|
10 min
|
|
4°C
|
Hold
|
6. 片段化产物纯化
1）将平衡至室温的Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠，振荡或上下颠倒混匀，以1.0×比例回收上述片段化产物。
2）吸取60 μL磁珠加入上述60 μL片段化产物中，使用移液枪轻轻吹打混匀，室温孵育5 min。
3）将PCR管短暂离心并置于磁力架上分离磁珠和液体，待溶液澄清后（约5 min），小心移除上清。
4）保持PCR管始终处于磁力架中，加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠，室温孵育30 sec后小心移除上清。
5）重复步骤4），总计漂洗两次。
6）保持PCR管始终处于磁力架中，开盖干燥磁珠至刚刚出现龟裂（约5 min）。
7）将PCR管从磁力架中取出，加入21 μL灭菌超纯水洗脱。涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打充分混匀，室温静置孵育5 min。
8）将反应管短暂离心并置于磁力架中，待溶液澄清（约5 min）后小心吸取20 μL上清至干净的灭菌PCR管中。
7. 立即进行步骤3.2，文库PCR富集。
3.2 文库扩增 (Library Amplification)
1. 将表4中试剂解冻后颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于无菌PCR管中配制表4所示反应体系。
表4 PCR扩增反应体系
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名称
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体积 (μL)
|
|
步骤三纯化产物
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20
|
|
PCR Primer Mix
|
3
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|
N5XX*
|
1
|
|
N7XX*
|
1
|
|
2×Ultima Amplification Mix
|
25
|
|
ddH2O
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Up to 50 μL
|
【注】：*Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina® (96 Index) (Cat#12610)中提供8种N5XX和12种N7XX，可根据样品数量和Index选择策略自行选择。
3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀，并短暂离心将反应液收集至管底。
4. 将PCR管置于PCR仪中，设置表5所示反应程序，进行PCR扩增。
表5 PCR扩增反应程序
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温度
|
时间
|
循环数
|
|
热盖105°C
|
On
|
-
|
|
72°C
|
3 min*
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1
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|
95°C
|
30 sec
|
1
|
|
95°C
|
10 sec
|
n**
|
|
55°C
|
30 sec
|
|
|
72°C
|
30 sec
|
|
|
72°C
|
5 min
|
1
|
|
4°C
|
Hold
|
-
|
注意：*此步不可省略。转座反应产物并非完整的双链DNA，72℃孵育3 min用于生成成熟的PCR模板。
**循环数请根据测序需要进行选择。起始DNA量为50 ng时，推荐5-9个扩增循环。
3.3 文库纯化或分选 (Library Clean Up/Size Selection)
如对文库长度分布无特殊要求，可直接使用1.0×磁珠纯化扩增产物（参照步骤3.1中6.片段化产物纯化步骤），而不进行片段分选。如需进行片段分选，则进行以下步骤，推荐使用Cat#12601 DNA Selection Beads进行产物片段分选，为防止接头或大片段残留，可进行两次片段分选，或先使用1.0×磁珠纯化扩增产物后再进行分选。
1. 将平衡至室温的Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠，振荡或上下颠倒混匀。
2. 根据DNA片段长度要求，进行双轮分选时，需将初始DNA样本用灭菌蒸馏水补齐至100 μL，参考表6推荐比例向文库上清中加入第一轮分选磁珠，涡旋混匀或移液器吹打10次混匀，室温孵育5 min。【注意：因PCR过程中样品挥发会导致产物体积不足50 μL，进行下面操作之前必须使用灭菌蒸馏水将体积补齐至100 μL，否则分选长度会与预期不一致。】
表6 磁珠文库分选推荐比例
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文库平均总长度
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~300 bp
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~400 bp
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~500 bp
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~800 bp
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第一轮磁珠用量
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80 μL (0.8×)
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70 μL (0.7×)
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60 μL (0.6×)
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50 μL (0.5×)
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第二轮磁珠用量
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20 μL (0.2×)
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20 μL (0.2×)
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20 μL (0.2×)
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15 μL (0.15×)
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注意：“×”数均根据PCR产物体积补齐至100 μL计算而得，如“0.6×”表示0.6×100 μL = 60 μL。
3. 将PCR管短暂离心并置于磁力架中，待溶液澄清后（约5 min），小心转移上清到干净的离心管中。
4. 参考表6向上清中加入第二轮分选磁珠。
5. 涡旋混匀或移液器吹打10次混匀，室温静置5 min。
6. 将PCR管短暂离心并置于磁力架中，待溶液澄清后（约5 min），小心移除上清。
7. 保持PCR管始终处于磁力架中，加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠，室温孵育30 sec，小心移除上清。
8. 重复步骤7，总计漂洗两次。
9. 保持PCR管始终处于磁力架中，开盖干燥磁珠至刚刚出现龟裂（约5 min）。
10. 将PCR管从磁力架中取出，加入适量21 μL ddH2O，涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打充分混匀，室温静置5 min。
11. 将PCR管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体。待溶液澄清后（约5 min），小心转移20 μL上清至干净的管中，于-20℃保存。此外，如需获得长度分布更集中的文库扩增产物，可使用胶回收方式进行长度分选和纯化；如对文库长度分布范围等无特殊要求，扩增产物也可不进行长度分选，直接使用磁珠或柱纯化试剂盒进行纯化。
3.4 文库质量控制
通常情况下，构建好的文库可通过浓度检测和长度分布检测来进行质量评价，具体请参见注意事项六。
3.5 参考实例
使用Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina®对50 ng嗜盐杆菌gDNA样本建库，并分别使用1.0×磁珠进行纯化，0.8×/0.2×、0.7×/0.2×、0.5×/0.15×磁珠比例进行长度分选，结果使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行检测。
图3 Agilent 2100 Bioanalyzer文库质量分析
