复杂的样本可能有细菌和人类细胞的混合物，它们都在积极表达核糖体RNA。利用CRISPRclean的强大功能，可以有效去除核糖体RNA。CRISPRclean还可以在测序之前在体外去除无信息的细菌读长——重新分配>80%的测序读数，以识别低表达的生物相关转录本。