微生物多样性测序（又称扩增子测序）技术是对16S、18S rRNA或ITS基因特定区域的PCR产物序列进行高通量测序，能同时对样品中微生物类群进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。