通过IP、Co-IP、Pull-down等得到目的蛋白，再通过SDS-PAGE对目的蛋白进行分离纯化，使用液质联用技术(LC-MS/MS)对IP所得蛋白上的修饰位点进行鉴定，可以对目前所有已知的修饰类型及一些特殊的小分子药物在蛋白上的修饰位点进行鉴定。
一般常见的修饰类型主要有磷酸化、甲基化、乙酰化、生物素化、磷酸化、糖基化、泛素化、二硫键等多种翻译后修饰类型。