核酸电泳问题解答

SafeRed＆GelGreen常见问题：
Q:  污染或微笑的DNA条带或错误的DNA迁移条带?
A:  客户为方便用SafeRed预制凝胶。由于SafeRed®和GelGreen®是为安全而设计的分子量较大的高效亲和型染料，在预制凝胶电泳中它们可以影响DNA的迁移。尤其是国产的一些限制性酶切的DNA样本，可能会在SafeRed®预制凝胶中异常迁移。下列建议可提高预制凝胶中的条带分离效果。

1. 鉴于SafeRed的高灵敏性减少DNA上样量。污染和微笑条带往往是过量的DNA样本造成的。推荐的泳道和已知浓度的样品的上样量为  50-200ng/泳道。对于未知浓度的样品，尝试1/2或1/3的常用上样量
2. 减少SafeRed在凝胶中的总量，SafeRed再稀释一倍后使用比如用0.5X的浓度来代替1X的浓度。
3. 制百分比浓度小的琼脂糖凝胶。高分子量的DNA在低百分比的琼脂糖凝胶分离效果比较好。
4. 更换电泳缓冲液。 TBE缓冲液比TAE缓冲液的效果更好，因为含硼酸盐的试剂导电性能更好。
5. 为了避免染料可能对DNA迁移的干扰，建议使用电泳后染胶。如果跑胶程序需要的上样量超过推荐量，建议使用电泳后染色法。

Q： 荧光弱，时间久染料性能降低，或使用后染法染料仍然在琼脂糖凝胶中。
A :  染料可能从溶液中沉淀。加热Red^®至45 - 50℃，2min，搅拌溶解。染料在室温下储存，以避免沉淀。
Q:  后染法需要去除染料的步骤吗？
A:  不需要，不过高背景的结果可以考虑适当脱色步骤
Q： SafeRed和GelGreen可以用来染色单链DNA或RNA吗？
A:   SafeRed和GelGreen可用于单链DNA和RNA的染色，但SafeRed染单链核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。
Q： 用那些仪器检测SafeRed和GelGreen？
A:  SafeRed完美兼容标准(302或312nm)紫外透射成像仪。GelGreen的吸收峰在500nm。 GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可见光激发的凝胶成像仪，如Dark Reader或488 nm凝胶激光扫描仪。
Q： 什么样的发射滤波片适合使用SafeRed和GelGreen？
A:   SafeRed使用溴化乙锭滤片; GelGreen使用SYBR Green或黄色滤片。另外，长通道黄色滤片可用于SafeRed或GelGreen。请查阅SafeRed和GelGreen更多的特定的发射光谱。
Q:  可以提前制作SafeRed/GelGreen凝胶，储存供以后使用吗？
A:   可以，SafeRed和GelGreen染料是稳定的。在保证琼脂糖凝胶的完整性不会被破坏的前提下，你可以将预制的SafeRed/GelGreen凝胶储存供以后使用。 我们建议在4℃避光贮存凝胶。
Q： SafeRed/GelGreen在熔化的琼脂糖中稳定么？可以将SafeRed/ GelGreen储存在熔化的琼脂糖胶中，到用的时候在制备凝胶吗？
A:  可以，SafeRed比GelGreen更加稳定。但我们不建议将SafeRed放在熔化的琼脂糖中存放几天。
Q:   SafeRed/GelGreen的预制凝胶可以重复使用吗？
A:   不可以，连续电泳会减少染色强度。
Q:   可以重新融化SafeRed/GelGreen凝胶，再制备吗？
A:   是的，但最好再添加一些染料，保证重新制备凝胶的信号强度。
Q： SafeRed和GelGreen用后应该如何处置？
A:   SafeRed和GelGreen通过TUV认证测试按照美国标准California Department of Fish & Game, 1988 Acute Procedures; EPA/600/4-85/013, 1985 Acute Manual，
在中国农科院通过斑马鱼测试，
可以直接倾倒入下水道。但是由于不同国家和地区规定的差异，请联系您当地的安全监管部门，获取相关条例。
Q:  SafeRed及GelGreen与如克隆，连接和测序的下游扩增子兼容吗？
A:  可以。我们建议使用Qiagen公司或Zymoclean凝胶提取试剂盒，EXO-SAP方案，或酚氯仿抽提法去除DNA中的染料成分。由于SafeRed/GelGreen与DNA结合比EB更为紧密，所以需要去除样品DNA中的SafeRed/GelGreen染料,保证DNA的后续操作。
Q:  SafeRed/GelGreen安全性如何？
A:  SafeRed®/GelGreen®经过埃姆斯AMS和相关测试，已经被证明是替代EB和SYBR染料更为安全的产品。不过，请使用这些试剂时，也要遵循实验室安全条例，以免污染DNA等样品。
Q:  SafeRed/GelGreen检测下限是什么？
A:  SafeRed/ GelGreen是超敏感的染料，检测含量＜0.1ng的DNA。
Q:  SafeRed/GelGreen的结合机制是什么？
A:  SafeRed/GelGreen通过静电及电荷相互作用与DNA结合。
Q:  SafeRed/GelGreen迁移的方向？
A:  SafeRed和GelGreen相比于EB来说，不容易通过凝胶迁移。不需要在电泳缓冲液中添加额外的染料，凝胶也会比EB染色更均匀。
Q:  SafeRed/GelGreen需要在黑暗中使用吗？
A:  SafeRed和GelGreen是稳定的染料。在室内光线下使用，染料避光储存。
Q:  SafeRed/GelGreen的使用量？
A:   10,000×储备液用于1X甚至0.5X预制凝胶使用量1:10000～1:20000 (例如: 5uL 用于50ml～100mL凝胶)，或1:3333比例用于电泳后染色(15uL 用于50 mL溶液)。
Q:  SafeRed/GelGreen电泳后染色可重复使用吗？
A:  可以。如果敏感度降低，则建议更换新鲜的染料溶液。
Q:  SafeRed可以被用于凝胶迁移电泳分析和脉冲凝胶电泳吗？
A:可用于EMSA和PFGE凝胶的电泳后染色。
Q:  SafeRed/GelGreen可以被用于Southern或Northern杂交吗？会干扰转膜或杂交过程吗？
A:   建议使用后染法。
Q:  SafeRed可以被用于基于甲醛的RNA凝胶中？
A:  可以。
Q:  SafeRed能用于聚丙烯酰胺,DGGE技术,EMSA实验或PFGE (脉冲场)凝胶吗？
A:  请使后染法。
Q:  SafeRed可以被用于彗星试验(单细胞凝胶电泳测定技术，一种敏感单链或双链DNA突变和破损的遗传测定方法)？
A:  是。
Q:  SafeRed是否用于碱性凝胶电泳缓冲液（30MM的NaOH，1mM的EDTA）？
A:  是。
Q:  SafeRed可用于氯化铯梯度纯化DNA染色吗？
A:  可以。正丁醇萃取前加SDS至终浓度0.1％去除纯化的DNA中的SafeRed。
Q:  建议用什么方案去除电泳后胶中的GelGreen/SafeRed染料？
A:  使用Zymo Research公司的ZymoClean 凝胶 DNA回收试剂盒，USB/Affymetrix 公司的ExoSap-It 试剂盒、Sigma的GenElute琼脂糖柱。Life Technologies 公司的PureLink快速凝胶回收试剂盒，GE Healthcare公司的Illustra GFX PCR DNA 和 凝胶条带纯化试剂盒、Roche的高纯度PCR产物纯化试剂盒。
Q:  SafeRed和GelGreen两种溶剂，在DMSO和水中的染料是否存在差异？